научная статья по теме ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ПОДРАЗДЕЛЕННОСТЬ БУРЯТСКОГО НАСЕЛЕНИЯ Биология

Текст научной статьи на тему «ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ПОДРАЗДЕЛЕННОСТЬ БУРЯТСКОГО НАСЕЛЕНИЯ»

ГЕНЕТИКА, 2014, том 50, № 3, с. 330-340

ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА

УДК 575.174.015.3:599.9

ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ПОДРАЗДЕЛЕННОСТЬ БУРЯТСКОГО НАСЕЛЕНИЯ © 2014 г. Н. П. Бабушкина1, Е. Р. Еремина2, А. Н. Кучер1

1 Научно-исследовательский институт медицинской генетики Сибирского отделения Российской академии медицинских наук, Томск 634050 e-mail: nad.babushkina@medgenetics.ru; aksana.kucher@medgenetics.ru 2 Бурятский государственный университет, кафедра терапии, Улан-Удэ 670009

e-mail: ereelrob@rambler.ru Поступила в редакцию 22.07.2013 г.

Приводятся результаты оценки уровня подразделенности бурятского этноса, полученные на основании данных, опубликованных рядом научных коллективов. Всего проанализированы сведения по 34 локусам (25 диаллельных и 9 STR) в ряде бурятских популяций. Результаты анализа как диаллель-ных полиморфных вариантов генов предрасположенности к многофакторным заболеваниям, так и нейтральных STR-маркеров свидетельствуют о генетической подразделенности различных территориальных групп бурят. В качестве одного из возможных (но не единственного) объяснений генетической гетерогенности различных территориальных групп бурят рассматриваются своеобразие их этногенеза и неоднородность расселения бурятских племен на территориях проживания. Указывается на то, что при планировании исследований, направленных на установление генетической компоненты детерминации патологических состояний у человека, важно принимать во внимание сведения о территориальной, этнической, родоплеменной принадлежности индивидов, включенных в обследуемые группы.

DOI: 10.7868/S0016675814020027

К настоящему времени проведены многочисленные гено-географические исследования, данные которых могут быть использованы не только для понимания эволюционных закономерностей формирования генетического разнообразия народонаселения, оценки подразделенности и выявления факторов популяционной динамики, определивших специфику генетических ландшафтов, но и могут иметь практическую значимость, прежде всего в области клинической генетики и персонализированной медицины. К числу приоритетных исследований в области медицинской генетики относятся следующие направления: изучение генетической компоненты широкораспространенных многофакторных заболеваний; выявление маркеров, информативных для формирования диагностических панелей, предназначенных для оценки риска развития заболевания и/или его осложнений; поиск генетических вариантов, которые могут помочь при разработке новых таргетных лекарственных препаратов. Развитие технологий, позволяющих проводить исследования с использованием большого числа полиморфных вариантов (от сотен вариантов до полногеномного анализа), способствует быстрому прогрессу в данных областях. В связи с этим особо остро встал вопрос о надежности получаемых результатов и их универсальности для различных этно-территориальных групп населения. При планировании исследований по выявлению

генетической компоненты многофакторных заболеваний несоблюдение этнического и территориального принципа формирования выборок и недоучет возможной генетической подразделен-ности населения обследованных территорий могут привести как к потере важной информации (ложно-отрицательные результаты), так и к формулировке необоснованных заключений об ассоциированности генетических локусов с заболеванием (ложно-положительные результаты) [1]. Очевидно, что проведению ассоциативных исследований должны предшествовать популяци-онно-генетические работы, которые могут, во-первых, предоставить новую информацию о выбранных для анализа генетических вариантах (например, об уровне полиморфизма); во-вторых, оценить подразделенность этно-территориаль-ных групп, включаемых в исследование; в третьих, выявить причины, обусловливающие формирование возможной подразделенности популяций (при привлечении дополнительной информации, например генетико-демографических данных, этноисторических сведений и т.д.).

В настоящем сообщении на основании данных научных публикаций [2—14], посвященных характеристике изменчивости нейтральных маркеров и полиморфных вариантов генов предрасположенности к многофакторным заболеваниям в бурятских популяциях, приводятся результаты

Таблица 1. Диаллельные полиморфные варианты, данные по которым привлечены для оценки генетической дифференциации бурятских популяций

№ п/п Ген Полиморфизм Аллель Частота аллелей (ш1п—шах) Число популяций Литературный источник

1 АСЕ I/» I 0.55-0.69 5 [2-5]

2 AGT Т174М М 0.06-0.10 3 [2-4]

3 Ш83 С691Т Т 0.43-0.52 3 [6]

4 С774Т Т 0.25-0.40 3 »

5 G894Т G 0.72-0.85 3 [6, 7]

6 УЭТЯ В 0.86-0.94 3 [6, 7]

7 MTHFR ге3753588 А 0.06-0.08 2 [8]

8 ге2066470 Т 0.06-0.08 2 »

9 ге17037397 А 0.03-0.10 2 »

10 ге7533315 Т 0.13-0.19 2 »

11 ге4846052 Т 0.23-0.24 2 »

12 ге1801133 (С677Т) Т 0.16-0.24 2 [8, 9]

13 ге6541003 G 0.23-0.24 2 [8]

14 ге2066462 Т 0.02 2 »

15 ге1801131 (А1298С) С 0.21-0.24 2 »

16 ге17375901 Т 0.01-0.05 2 »

17 ге2274976 ^1793А) А 0.05-0.08 2 »

18 ге1537516 Т 0.06-0.08 2 »

19 ^4 ге2243291 ^/С 3'-иТЯ) G 0.38-0.45 2 [10, 11]

20 IL4R ге1801275 ^551Я) Q 0.82-0.88 2 »

21 ApoA1 I/» I 0.87-0.92 5 [2, 5]

22 PLAT I/» I 0.44-0.53 4 [5]

23 PV92 I/» I 0.66-0.75 4 »

24 F13V I/» I 0.79-0.88 4 »

25 TNF ге1800629 ^-308А) G 0.87-0.92 6 [12, 13]

Примечание. Здесь и в табл. 2 приведены минимальные и максимальные значения частот аллелей в бурятских популяциях, согласно данным проанализированных научных публикаций.

оценки уровня подразделенности бурятского этноса.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Материал для исследования был получен из научных публикаций, в которых приведены дан-

ные о частотах полиморфных вариантов генов подверженности заболеваниям многофакторной природы, а также 8ТЯ-локусов в бурятских популяциях; в анализ включались сведения по выборкам, для которых указывалась четкая этническая и территориальная принадлежность. К исследованию были привлечены локусы, данные по кото-

Таблица 2. Привлеченные к анализу мультиаллельные локусы, охарактеризованные в четырех бурятских популяциях (из [14])

№ п/п SXR Число аллелей Мажорный аллель* Частота аллелей (min—max)

1 D4S397 (rs113174935) 16 4 0.227-0.318

2 D5S393 (rs111450263) 16 4 0.188-0.261

3 D7S640 (rs113925074) 22 8 0.143-0.375

4 D8S514 (rs111313964) 14 8 0.283-0.318

5 D9S161 12 5 0.405-0.548

6 D10S197 (rs111609001) 8 4 0.196-0.341

7 D11S1358 (rs111682876) 11 6 0.291-0.521

8 D12S364 18 5 9 0.083-0.271 0.109-0.270

9 D13S173 (rs113928003) 11 7 0.391-0.432

* Указан аллельный вариант, преобладающий по частоте в большинстве популяций.

рым имелись не менее чем для двух бурятских популяций (табл. 1, 2). Всего проанализированы сведения по 34 полиморфным вариантам, из них — 25 диаллельных (локализованы в 11 генах) [2—13] и девять мультиаллельных (8ТЯ) локусов [14].

В общей сложности в исследование были включены сведения об изменчивости полиморфных вариантов в десяти выборках. Для пяти выборок (представлены жителями Еравнинского, Кяхтинского, Кижингинского и Джидинского и Окинского районов) анализ проводился только по одному локусу (рис. 1). Еще четыре популяци-онные выборки были представлены бурятами, локально проживающими в трех регионах Республики Бурятия (г. Улан-Удэ, с. Курумкан, у. Ху-рамша) и на территории Агинского района Забайкальского края (п.г.т. Агинское) (рис. 1,2). Город Улан-Удэ — столица Республики Бурятия; ведущим фактором популяционной динамики для данного населенного пункта являются миграционные процессы [15], и, соответственно, его генофонд интегрирует генетические составляющие различных территориальных групп бурят. Улус Хурамша находится в Гильбиринском сельском поселении Иволгинского района на расстоянии 60 км от г. Улан-Удэ. Село Курумкан расположено в 410 км от г. Улан-Удэ, является административным центром Курумканского района. Поселок городского типа Агинское — административный центр Агинского района Забайкальского края. Еще одна группа, данные по которой привлечены к анализу, была сформирована при изучении генетической компоненты эссенциальной артериальной гипертонии у бурятских детей ("контроль ЭАГ") и включала подростков, проживающих на разных территориях Республики Бурятия (Окинский,

Хоринский, Иволгинский, Северо-Байкальский районы и г. Улан-Удэ) [2].

Статистические методы. Для оценки генетической гетерогенности территориальных групп бурят использовали индекс фиксации (FSX) и генетические расстояния (г) между популяциями. FSX является мерой генетической дифференциации между популяциями; оценка проводилась как по совокупности локусов, так и по отдельным маркерам (локус-специфичный FSX). На основании ^ст-статистики рассчитывали расстояния между популяциями и долю межпопуляционной дисперсии в тотальном молекулярном разнообразии. Расчет индекса фиксации FSX и генетических расстояний между изученными этническими группами на основании попарных сравнений значений популяционно-специфичных FSX проводили с использованием статистики AMOVA (Analysis of Molecular Variance, пакет программ ARLEQUIN 3.1.1.1.) [16].

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Для выполнения настоящего исследования привлечены данные по нескольким бурятским популяциям, которые были охарактеризованы по 25 диаллельным полиморфным вариантам генов подверженности многофакторным заболеваниям и по девяти нейтральным мультиаллельным (SXR) локусам. Число проанализированных диаллельных вариантов в разных популяциях варьировало от 1 до 24 и, соответственно, различалась география изученности для отдельных локусов (рис. 1). Так, по частотам аллелей rs1800629 гена TNF было охарактеризовано наибольшее число популяций, однако только в одной из них (п. Курумкан) анализировались и другие полиморфные

Территориальные Локусы

группы бурят 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25

Улан-Удэ ■

2.

3. Курумкан

4. "Контроль ЭАГ"

5.

6.

7.

8.

9.

10.

Для дальнейшего прочтения статьи необходимо приобрести полный текст. Статьи высылаются в формате PDF на указанную при оплате почту. Время доставки составляет менее 10 минут. Стоимость одной статьи — 150 рублей.

Показать целиком