научный журнал по химии Биоорганическая химия ISSN: 0132-3423

ЕФИМОВ В. А., КАЛИНКИНА А. Л., ЧАХМАХЧЕВА О. Г. — 1995 г.

Разработан твердофазный способ получения 3'-фосфатов олигонуклеотидов на носителе на основе стеклянных шариков, модифицированном алкилсульфонилэтильными группировками. С использованием этих носителей автоматический синтез олигонуклеотидов может проводиться по стандартным методикам и программам, разработанным для амидофосфитного и Н-фосфонатного методов.A solid phase method for the synthesis of oligonucleotide 3'-phosphates using a alkylsulfonylethyl controlled pore glass support was developed. Using this support, the automated synthesis of oligonucleotides can be performed according to standard procedures and programs developed for phosphoroamidite and H-phosphonate methods.

АРБАТСКИЙ Н. П., ЖЕЛТОВА А. О., КАЛЯКИНА И. В., ЛИХОШЕРСТОВ Л. М., ШИБАЕВ В. Н. — 1995 г.

Разработан препаративный метод выделения N-связанных олигосахаридных фрагментов из фазеолина - главного резервного белка фасоли Phaseolus vulgaris. В результате расщепления фазеолина действием LiBH 4 или NaBH 4-BaCl 2 в водном ButОН, последующего восстановления NaBH 4 и ВЭЖХ получены индивидуальные олигосахаридальдитолы Man 5-9GlcNAc 1GlcAc-ol и Man 3(Xyl)GlcNAc 1GlcNAc-ol. Главные углеводные цепи фазеолина - Man 9GlcNAc 2, Man 7GlcNAc 2 и Man 3(Xyl)GlcNAc 2 - получены также в невосстановленном виде с помощью последовательной анионообменной хроматографии и ВЭЖХ. Олигосахариды идентифицированы по поведению при хроматографии и данным моносахаридного состава, их структура подтверждена спектрами 1H-ЯМР.A preparative method for isolation of N -linked oligosaccharides, fragments of phaseolin, which is a major storage protein of common beans (Phaseolus vulgaris), was developed. Individual oligosaccharide-alditols Man 5-9GlcNAc 1GlcNAc-ol and Man 3(Xyl)GlcNAc 1GlcNAc-ol were obtained after phaseolin degradation with LiBH 4 or NaBH 4-BaCl 2 in aqueous tert -BuOH, the subsequent reduction with NaBH 4, and HPLC. The main carbohydrate chain fragments of phaseolin [Man 9GlcNAc 2, Man 7GlcNAc 2, and Man 3(Xyl)GlcNAc 2] were also obtained in an unreduced form by successive use of ion-exchange chromatography and HPLC, The oligosaccharides were identified by means of their chromatographic behavior and monosaccharide composition data, and their structures were confirmed by H NMR.

СЕМЕНОВ А. Н. — 1995 г.

Изучена стабильность фенилгидразидной защитной группы, блокирующей боковые карбоксильные функции аспарагиновой и глутаминовой кислот, в условиях, имитирующих реакционную среду отдельных стадий твердофазного синтеза пептидов. Показана устойчивость фенилгидразидной группы в условиях удаления Вос- и Fmoc-защитных групп и при ацилировании избытками активированных эфиров (пентафторфениловых и гидроксибензотриазоловых), но нестабильность в реакциях с ангидридами в присутствии оснований.Stability of the phenylhydrazide protecting group for side chains of aspartic and glutamic acids was investigated in conditions thai imitated the reaction media of several steps of solid-phase peptide synthesis. The group was shown to be stable during the removal of Boc- and Fmoc-protection and during acylation by an excess of active esters (pentafluorophenyl or hydroxybenzotriazole esters). However carboxylic anhydrides could affect this protecting group in the presence of bases.

АРСЕНЬЕВ А. С., ГОЛОВАНОВ А. П. — 1995 г.

Путем минимизации конформационной энергии с ограничениями, полученными из экспериментальных данных 1H-ЯМР, рассчитан набор из 19 пространственных моделей нейротоксина II Naja naja oxiana. Среднее попарное среднеквадратичное отклонение положений атомов в полученном наборе структур составило 0.86 Å для тяжелых атомов основной цепи и 1.48 Å для всех тяжелых атомов. Для объяснения относительно медленных скоростей дейтерообмена амидных протонов Val45 и Leu51, экспонированных согласно рассчитанным структурам в растворитель, предложена модель димера нейротоксина II. Полученные модели как мономерной, так и димерной формы нейротоксина II в дальнейшем могут быть использованы для детального изучения его функциональных, гидрофобных и электростатических свойств.A set of 19 conformations of the neurotoxin

ЕЛЯКОВА Л. А., ЗВЯГИНЦЕВА Т. Н., ИСАКОВ В. В. — 1995 г.

Из продуктов трансформации ламинарана из Laminaria cichorioides под действием эндо-1→3-β-D-глюканазы Л0 из Chlamys albidus был выделен новый 1→3;1→6-β-D-глюкан - иммуностимулятор, названный трансламом, структура которого отлична от структуры исходного ламинарана. Он имеет более высокую молекулярную массу, содержит и 2.5 раза большее количество 1→6-связанных остатков глюкозы, сосредоточенных преимущественно на невосстанавливающем конце молекулы. Помимо разветвлений 1→6-связанные остатки D-глюкозы включены также в основную цепь 1→3-β-D-глюкана. Образование транслама можно объяснить обнаруженной у эндо-1→3-β-D-глюканазы Л0 способностью катализировать в процессе трансгликозилирования синтез не только β-1→3-, но и β-1→6-глюкозидных связей.A new 1→3;1→6-β-D-glucan (translam) with immunostimulating activity was isolated from products of the laminaran (L. cichorioides) transformation with endo-1→3-β-D-glucanase L0 (Chlamys albidus). As compared with laminaran, translam has a higher molecular weight, contains a 2.5-fold number of 1→6-bound glucose residues mainly about the nonreducing end of the molecule, but no mannitol. Some of the 1→6-linked glucose residues are included, in contrast to laminaran in the main chain of 1→3-β-D-glucan. It was shown that the translam formation is due to the ability of endo-1→3-β-D-glucanase L0 to catalyze the synthesis not only of 1→3-but also of 1→6-glucosidtc linkages.

ЕЛЯКОВА Л. А., НАЗАРОВА Н. И. — 1995 г.

Показано, что прямые зависимости логарифма времени удерживания (τ) от степени полимеризации (СП) при ВЭЖХ гомологических серий п-нитрофенилламинари- (lGnΝp) и -генциоолигозидов (gGnNp) имеют разные углы наклона: для gGnNp значительно больше, чем для lGnNp; прямая для п-нитрофенилгликозидов олигосахаридов смешанной β-1,3;1,6-cтpyктypы располагается в промежутке между ними. На основании этого предлагается способ качественного обнаружения и полуколичествешюго определения β-1,3;1,6-глюкooлиrocaxapидoв при использовании их в качестве доноров (акцептор - GNp) в реакции трансгликозилирования, катализируемой эндо-β-1,3-глюканазой JIIV, с последующим ВЭЖХ-анализом образующихся продуктов. В качестве примера проведена идентификация веществ в смесях β-1,3;1,6-глюкотри- и тетрамеров, полученных ферментативным гидролизом различными эндо-β-1,3-глюканазами ламинарана. Показано присутствие в смеси трисахаридов - преимущественно G-(G-G) (61-β-D-глюкозилламинарибиозы) и небольшой примеси ламинаритриозы; в смеси тетрасахаридов-преимущественно (G-G)-G-G (63-β-D-глюкозилламинаритриозы) и минорное количество G-(G-G)-G (62-β-D-глюкозилламинаритриозы); последняя присутствует также в составе смеси трисахаридов. Данные предлагаемого способа определения состава смесей олигосахаридов (по полученным из них продуктам трансгликозилирования) подтверждены результатами 1H- и 13С-ЯМР-спектроскопии и данными метилирования.A homologous series of p-nitrophenyllaminarioligosides (l

КЛУКАС О., ПЕШЕНКО И. А., РОДИОНОВ И. Л., ТЕЛЯКОВА О. В., УТКИН Ю. Н., ЦЕТЛИН В. И. — 1995 г.

Interaction of the mono[125I] iodinated α-bungarotoxin and neurotoxin II Naja naja oxiana with the synthetic peptides corresponding to the fragments of the α-subunit of nicotinic acetilcholine receptor from Torpedo californica was studied. It was found that both toxins bind to the fragments α186-198, α183-198 and α125-145 adsorbed to the 96-well P.E.T.G. assay plates (COSTAR). Acm-groups on Cys residues did not prevent toxin binding by the peptides studied. Determination of the binding parameters showed that α-bungarotoxin interacts with fragment α125-145 less effectively than neurotoxin II. The data obtained demonstrate the presence of different toxin-binding sites on α-subunit and confirm the model of multipoint neurotoxin-receptor interaction.

КОТЛОВА Е. К., СТЕПАНОВ В. М., ТИМОХИНА Е. А., ЮСУПОВА М. П. — 1995 г.

Субтилизин 72, сорбированный на поверхности макропористого стекла, в органических растворителях катализирует конденсацию эфиров N-ацилированных пептидов с производными аргинина. Сорбированный фермент может быть использован многократно и позволяет синтезировать хромофорные субстраты металлопротеиназ и карбоксипептидаз общей формулы Dnp-Ala-Ala-Xaa-Arg-NH2 (Хаа = Leu, Phe, Val, Ilе). Металлопротеиназы гидролизуют тетрапептиды по связи Ala-Хаа с отщеплением Dnp-Ala-Ala-OH, определяемого спектрофотометрически. Хромофорные субстраты карбоксипептидаз типа В (Dnp-Ala-Ala-Xaa-Arg-OH и Dnp-Ala-Ala-Arg-OH) получают гидролизом соответствующих амидов трипсином.Subtilisin 72 sorbed on the surface of macroporous glass catalyzes a condensation of the esters of N-acylated peptides with arginine derivatives in organic solvents. The sorbed enzyme can be used repeatedly, which makes it possible to synthesize the chromophore substrates of metalloproteinases and carbopeptidases of the general formula Dnp-Ala-Ala-Xaa-Arg-NH2 (Xaa = Leu, Phe, Val, Ile). In tetrapeptides, metalloproteinases hydrolyze the Ala-Xaa bond with the removal of Dnp-Ala-Ala-OH, which can be determined spectrophotometrically. The chromophore substrates of carboxypeptidases of the В type (Dnp-Ala-Ala-Xaa-Arg-OH and Dnp-Ala-Ala-Arg-OH) are obtained by hydrolysis of the corresponding amides by trypsin.

ГРЕЧИШНИКОВА И. В., МИХАЛЕВ И. И., МОЛОТКОВСКИЙ ЮЛ. Г. — 1995 г.

Описан синтез 4-(3-периленил)бутановой кислоты, а также фосфатидилхолина и сфингомиелина с остатком этой кислоты. Полученные фосфолипидные флуоресцентные зонды имеют высокий квантовый выход и значительную величину анизотропии флуоресценции в липидном бислое; предполагается использовать их для изучения мембранных систем.A synthesis of 4-(3-perylenyl)butanoic acid is described; a phosphatidylcholine and a sphingomyelin with the labeled acid residue are also synthesized. The phospholipid fluorescent probes have a good quantum yield and a high fluorescence anisotropy value in lipid bilayer; they are proposed as useful tools in studies of membrane systems.

БЕРЕЗОВСКИЙ М. В., ГОДОВИКОВА Т. С., КНОРРЕ Д. Г. — 1995 г.

Изучено внутрикомплексное фотохимическое взаимодействие фотоактивных производных R-CONH(CH 2) 3NH-pGATACCAA, где R = п -азидотетрафторфенил (I) или 2-нитро-5-азидофенил (II) и 5'-фосфо- п -азидоанилида pGATACCAA (III) с мишенью - олигонуклеотидом *pGGTATCp (IV) и его производными *pGGTATCp-NH(CH 2) 3NHX, где X = Η (V), Phe (VI) или Lys (VII). По данным электрофореза, фотореагент (I) образует ковалентные фотоаддукты как с соединением (IV), так и с производными (VI) - (VII). В случае реагента (II) фотосшивка наблюдается только с мишенями (V) - (VII), включающими в себя алифатические аминогруппы. При облучении дуплексов, образованных фотореагентом (III) с мишенями (V) - (VII), процесс сопровождается отщеплением олигонуклеотидного фрагмента реагента от продукта фотомодификации. Обсуждается возможный механизм данного отщепления.

БАБКИНА И. Н., ГЛАДКОВА С. Е., ДАНИЛЮК Н. К., ПОЗДНЯКОВ С. Г., СЕРЕГИН С. В., СИНЯКОВ А. Н. — 1995 г.

Осуществлен химико-ферментативный синтез и клонирование гена аналога человеческого анафилатоксина С5а. Получена рекомбинантная плазмида pRC5a, обеспечивающая в клетках Е. coli экспрессию синтетического гена. Биологическая активность продукта экспрессии искусственного гена доказана тестированием хемотаксической активности и выхода миелопероксидаз из перитонеальных клеток крысы под воздействием лизатов бактериальных клеток, содержащих рекомбинантный белок.Chemical-enzymatic synthesis and cloning of a gene for a human anaphylatoxin C5a analog were carried out. Recombinant plasmid pRC5a providing the expression of the synthetic gene in the Escherichia coli cells was obtained. The biological activity of the expression product was demonstrated by the chemotaxis activity test and by the release of myeloperoxidases from rat peritoneal cells that was induced by bacterial ceil lysates containing the recombinant protein.

БУЛЕНКОВ М. Т., ВЕЙКО В. П., ГУЛЬКО Л. Б., ДЕБАБОВ В. Г., ДЕРЕВЩИКОВА Е. Б., ОСИПОВ А. С., РАТМАНОВА К. И., ЧИБИСКОВА Н. А., ШЕХТЕР И. И., ЭРРАЙС Л. Л. — 1995 г.

Синтетический ген ингибитора протеиназ (эглин С), полученный прямой амплификацией из олигонуклеотидов бет использования ДНК-лигазы и полинуклеотидкиназы фага Т4, клонирован в экспрессионных векторах. Целевой полипептид выделен в гомогенном состоянии. Достигнут высокий уровень продукции (110-130 мг/л) полипептида в штаммах Е. coli.A synthetic gene for a proteinase inhibitor (eglin C) that was obtained by direct amplification with oligonucleotides without using DNA ligase and polynucleotide kinase of T4 phage was cloned into expression vectors. A high yield of the polypeptide (110-130 mg/l) was attained in E. coli strains.

ВАСИЛЬЕВ С. А., ЛУЙК А. И., ПОДА Г. И., ТАНЧУК В. Ю., ТЕТКО И. В., ХИЛЯ В. П. — 1995 г.

На примере ряда соединений, обладающих гиполипидемической активностью, показано, что для успешного решения проблемы выбора информативного набора параметров молекулы могут использоваться эволюционные алгоритмы. Наборы параметров, найденные для метода потенциальных функций, показали хороший прогноз активности молекул из контрольной выборки.Based on a set of compounds possessing hypolipidemic activity, it was demonstrated that evolutionary algorithms can be successfully used to compile an informative set of molecular parameters. The parameter sets selected using the method of potential functions allowed correct prediction of the activity of test molecules.

ЕФИМОВ В. А., КАЛИНКИНА А. Л., ФРАДКОВ А. Ф., ЧАХМАХЧЕВА О. Г. — 1995 г.

Сконструированы плазмидные векторы, обеспечивающие высокий уровень экспрессии в клетках Е. coli генов гетерологичных полипептидов и белков в составе гибридов с пептидами, содержащими гомогистидиновый кластер. С помощью полученных векторов осуществлена экспрессия генов стрептавидина, проинсулина и кальцитонина. Для выделения гибридных белков использована аффинная хроматография на колонках с никель-агарозой.Plasmid vectors providing a high level expression in Escherichia coli cells of genes for heterologous polypeptides and proteins fused to peptides containing homohistidine clusters have been constructed. The obtained vectors have been used to achieve expression of genes for streptavidin, proinsulin and calcitonin. The hybrid proteins were isolated by affinity chromatography on Ni-agarose columns

МАЛЫГИН Э. Г., МЕРТВЕЦОВ Н. П., НЕТЕСОВА Н. А., ПЕТРОВ В. С., ЧЕШЕНКО Н. В., ЧИКАЕВ Н. А. — 1995 г.

Ген ангиогенина человека клонирован в составе генома вируса осповакцины. Получен рекомбинантный вирус, экспрессирующий ангиогенин. Уровень синтеза белка, направляемого рекомбинантным вирусом, анализировали реакцией иммуноблотинга с моноклональными антителами к ангиогенину человекаThe gene for angiogenin was cloned into vaccinia virus genome. The recombinant virus expressing angiogenin was obtained. The level of protein synthesis directed by the recombinant virus was analyzed by immunoblotting using monoclonal antibodies against human angiogenin.

ДАНИЛОВ Л. Л., МАЛЬЦЕВ С. Д., ТРИФОНОВ А. В., ШИБАЕВ В. Н. — 1995 г.

Описан эффективный синтез полипренилдифосфатов из полипренлмонофосфатов с помощью дифенилпирофосфатного метода. Показана применимость метода для производных полипренолов различной структуры, содержащих α-концевые Ζ- и E-изопреновые звенья, а также α-дигидроизопреновое звено. Осуществлен синтез морапренилдифосфата взаимодействием морапренилфосфоимидазолида с 2-цианоэтилфосфатом с последующим омылением цианоэтильной группы.Efficient synthesis of polyprenyl diphosphates from the corresponding monophosphates by the diphenylpyrophosphate approach has been developed. The method was applied to various polyprenols with the α-terminal isoprene (Z- or E-) or α-dihydroisoprene units. Moraprenyl diphosphate was also synthesized by interaction of moraprenyl phosphoroimidazolidate with 2-cyanoethyl phosphate followed by elimination of cyanoethyl group under basic conditions.

КИСЕЛЕВА В. И., КОЛЕСНИК Т. Б., ПОВЕРЕННЫЙ А. М., ТУРЧИНСКИЙ М. Ф. — 1994 г.

Диэтилентриаминхлорплатину предложено использовать в гибридизационном анализе специфических нуклеотидных последовательностей для мечения ДНК-зонда, а высокоаффинные антитела к комплексу ДНК- Pt (dien) - для детекции ДНК : ДНК-гибридов. Процедура мечения чрезвычайно проста и включает только смешивание растворов реагентов и инкубацию их в течение 2 ч при 60° С. Чувствительности и специфичности метода достаточно, чтобы тестировать 8 фг ДНК в условиях точечной гибридизации.Monofunctional platinum compound [ Pt( dien) Cl] Cl and high-affinity antibodies against DNA-[ Pt( dien) Cl] Cl were suggested for non-radioactive hybridisation analysis of DNA. The simple labelling procedure was based on mixing the reagents followed by the incubation for 2 h at 60° C. The sensitivity and specificity of the technique were sufficient to detect 10 fg DNA in dot-hybridisation without cross-reaction with 10-fold exess of a heterological DNA. This technique permits genome libraries screening.

ГОРН В. В., ДОБРИКОВ М. И., ЗАРЫТОВА В. Ф., ЛЕВИНА А. С., ЛОХОВ С. Г., ТАБАТАДЗЕ Д. Р. — 1994 г.

Осуществлена высокоэффективная сайт-специфическая фотомодификация ss- и ds-ДНК-мишеней с использованием производного гексадекатимидилата, R - р(Т)16 (R - n-азидотетрафторбензамидная группа), в условиях образования триплексов. В качестве мишени были использованы 27-звенные фрагменты ss- и ds-ДНК: 7 5' GCGCACG (A)I6 GTCG 7 24 5' GCGCACG (А)16 GTCG ' 3' CGCGTGC (Т)16 CAGC 22 Основными точками модификации для ss-ДНК являются основания G7 и G24, для ds-ДНК - G22 тимидин-богатой цепи и G7 аденозин-богатой цепи. Степень фотомодификации ss-мишени достигает 60-77%, а ds-мишени - 10-53% в зависимости от условий реакции. Показано, что степень модификации повышается при проведении реакции в буфере с большой ионной силой (1,0 М) и при пониженной температуре (4° С), что связано с увеличением стабильности тройного комплекса.A highly efficient sequence-specific photomodification of single stranded (ss) and double stranded (ds) DNA fragments was carried out with hexadecathymidilate derivative,R-p( T) 16 (R - p-azidotetrafluorobenzamide) and 27-meric DNA fragments as a targets. 7 5' GCGCACG (A)16 GTCG 7 24 5' GCGCACG (A)16 GTCG 3' CGCGTGC (T)16 CAGC 22 The main points of the modification were G7 and G24 for the ss target and G7 and G22 of purine- and pyrimidine-rich strands, respectively, for the ds DNA fragment. The photomodification extent was 60-77% for ss DNA and 10-53% for ds DNA depending on the reaction conditions: it increased in a buffer with a high ionic strength (1.0 M) and at a low temperature (4° C) when the triplexes are more stable.

ГОРН В. Н., ДОБРИКОВ М. И., ЗАРЫТОВА В. Ф., ЛЕВИНА А. С., ТАБАТАДЗЕ Д. Р., ХАЛИМСКАЯ Л. М. — 1994 г.

Исследована фотомодификация олигонуклеотидов-мишеней реагентами, содержащими n-азидотетрафторбензамидную группу в разных положениях олигонуклеотидного адреса: на 5'- или З'-концевом фосфате или при С5-атоме остатка дезоксиуридина на 5'-конце или внутри цепи. Показано, что реагенты, несущие фотоактивную группу внутри олигонуклеотидной цепи, способны эффективно модифицировать мишень (50-55 % образования ковалентных аддуктов реагента с мишенью). Более эффективными оказались производные олигонуклеотидов с фотоактивной группой на 5'- или З'-конце (70% - образование ковалентных аддуктов).. Модификации предпочтительно (30-40%) подвергается остаток гуанозина мишени, расположенный вблизи перфторарилазидной группы и не вовлеченный в образование дуплекса. При использовании тандема реагентов, комплементарных соседним участкам мишени, модифицируется преимущественно тот же остаток гуанозина, причем степень модификации достигает 80%.

НОВИКОВ Н. А., ТАРУСОВА Н. Б., ЯСЬКО М. В. — 1994 г.

В результате алкилирования натриевых производных нуклеозидов пиримидинового и пуринового рядов и их аналогов n-толуолсуль- фонилоксиметилфосфоновой кислотой или ее моноэтиловым эфиром получены соответствующие 5'-О-фосфонометильные производные. Алкилирование предложенными реагентами позволяет провести синтез фосфонометильных производных достаточно селективно по 5'-О- алифатическому гидроксилу. При использовании n-толуолсульфонилоксиметилфосфоновой кислоты показана возможность одностадийного синтеза 5'-О-фосфонометильных производных нуклеозидов.Alkylation of nucleosides and their analogues with p- toluenesulfonyloxymethylphosphonic acid and its monoester allows to simplify the synthesis of the 5'-О-phosphonomethyl nucleoside derivatives.