научный журнал по биологии Молекулярная биология ISSN: 0026-8984

Архив научных статейиз журнала «Молекулярная биология»

  • ЧАСТЬ МАТРИЦЫ С 5’-СТОРОНЫ ОТ КОДОНА В Е-УЧАСТКЕ СБЛИЖЕНА С БЕЛКОМ S26 НА 80S РИБОСОМЕ ЧЕЛОВЕКА

    ВЕНЬЯМИНОВА А.Г., ГРАЙФЕР Д.М., ЕРЕМИНА А.В., ИВАНОВ А.В., КАРПОВА Г.Г., ЛАЛЕТИНА Е.С., МОЛОТКОВ М.В., РЕПКОВА М.Н. — 2004 г.

    Изучено окружение части матрицы с 5'-стороны от кодона в Е-участке 80S рибосомы с помощью производных нона- и додекарибонуклеотидов, содержащих фенилаланиновый кодон UUU на 3'-кон-це, с перфторарилазидогруппой на первом или третьем нуклеотиде. Использовали два набора аналогов мРНК - с фотоактивируемыми группами, присоединенными по атому С5 остатков уридина и по атому N7 остатков гуанозина. Аналоги мРНК располагали на 80S рибосомах с помощью связывания в Р-участке тPHK phe, узнающей кодон UUU, благодаря чему нуклеотид со сшивающей группой оказывался в положениях от -4 до -9 относительно первого нуклеотида кодона в P-участке. Облучение комплексов рибосом с тPHK phe и аналогами мРНК мягким УФ-светом приводило к сшивке последних преимущественно с 40S субчастицами, а в ее составе - практически только с белками. Основной мишенью модификации во всех случаях был белок S26. При расположении сшивающей группы на нуклеотиде в положении -4 происходила также в небольшой степени сшивка с белком S3, а в положении -6 - с белком S14. В отсутствие тРНК все аналоги мРНК сшивались с белком S3.

  • ЭКСПРЕССИЯ КДНК ГЕНА СЕРОТОНИНОВОГО РЕЦЕПТОРА МЫШИ (5НТ1С) В КУЛЬТУРЕ КЛЕТОК НАСЕКОМЫХ

    БЕЛЖЕЛАРСКАЯ С.Н., САТТОН Ф. — 2004 г.

    Метод клонирования и экспрессии кДНК гена серотонинового рецептора мыши в клетках насекомых с использованием бакуловирусов предложен как альтернативный методу, в котором применяют систему с ооцитами, обычно используемую для электрофизиологических исследований функции ионных каналов. С помощью сконструированной рекомбинантной бакмидной ДНК ген рецептора серотонина 5НТ1с мыши переносили в геном вируса AcNPV с образованием рекомбинантного ба-куловируса, что обеспечивало получение зараженных клеток насекомых Sf9, продуцирующих рекомбинантный серотониновый рецептор 5НТ1с.

  • ЭНДОНУКЛЕАЗНАЯ АКТИВНОСТЬ РЕТРОТРАНСПОЗОНА PENELOPE

    ЕВГЕНЬЕВ М.Б., ЗЕЛЕНЦОВА Е.С., ПЯТКОВ К.И. — 2004 г.

    Мобильный элемент Penelope - один из нескольких элементов, активируемых в скрещиваниях между определенными линиями у Drosophila virilis. В потомстве от одного направления этих скрещиваний наблюдается гонадная стерильность, появляются мутации и нарушается онтогенез. Это явление, называемое “синдромом гибридного дисгенеза”, сопровождается мобилизацией ряда неродственных транспозонов, причем элемент Penelope, по-видимому, - ключевой в этом синдроме. Этот элемент имеет уникальное строение и сочетает в себе признаки как ДКП-содержащих, так и по-ли(А)-содержащих ретротранспозонов. Компьютерный анализ последовательности белка Penelope показал, что этот белок содержит домен обратной транскриптазы, а его С-концевой домен, в принципе, может обладать эндонуклеазной активностью, подобной активности бактериальной эндонуклеазы UvrC и эндонуклеаз, кодируемых интронами группы I. Ни в одном из ранее описанных ретроэлементов такая эндонуклеаза не предсказана. Множественное выравнивание показывает, что предполагаемый каталитический домен Penelope содержит пять консервативных мотивов, а также все необходимые каталитические аминокислотные остатки, характерные для эндонуклеаз семейства GIY-YIG. В данной работе экспериментально показано, что элемент Penelope действительно кодирует функционально активную эндонуклеазу, обладающую некоторой специфичностью к естественному сайту встраивания.

  • ЭНДОНУКЛЕАЗЫ РЕСТРИКЦИИ ТИПА IIE И IIF, ВЗАИМОДЕЙСТВУЮЩИЕ С ДВУМЯ УЧАСТКАМИ УЗНАВАНИЯ В ДНК

    БАСКУНОВ В.Б., ГРОМОВА Е.С., КИРСАНОВА О.В. — 2004 г.

    В последние годы обнаружено, что широко используемые в генной инженерии и молекулярной биологии эндонуклеазы рестрикции многообразны не только по узнаваемым нуклеотидным последовательностям, но и по механизму их взаимодействия с ДНК. В обзоре рассмотрены эндонуклеазы рестрикции типа IIE и IIF, которым для эффективного расщепления ДНК необходимо одновременное взаимодействие с двумя нуклеотидными последовательностями. Обсуждаются особенности структуры этих ферментов и их комплексов с ДНК, их постадийное взаимодействие с ДНК, каталитические механизмы реакции, образование петель в ДНК. У эндонуклеаз типа IIE обнаружен новый тип ДНК-белкового узнавания, когда две копии одного и того же участка ДНК специфически взаимодействуют с двумя разными аминокислотными последовательностями и двумя разными структурными мотивами в одной полипептидной цепи.

  • “ВИНОВНЫМ СЕБЯ HE ПРИЗНАЮ”

    БАЕВ А.А. — 2004 г.

  • АНАЛИЗ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ НА ДНК-МИКРОЧИПАХ И ЕГО ПРИМЕНЕНИЕ В МОЛЕКУЛЯРНОЙ ОНКОЛОГИИ

    ГОДВИН Э.К., ФАВОРОВА О.О., ФРОЛОВ А.Е. — 2003 г.

    Злокачественная трансформация нормальных клеток происходит в результате накопления генетических и эпигенетических нарушений. Изучение молекулярной основы онкологических заболеваний с привлечением методов геномики и протеомики направлено на раскрытие всей сложности и многообразия процессов, приводящих к злокачественным перерождениям у человека. До недавнего времени диагноз и прогноз онкологического заболевания основывался на данных классической гистопатологии и косвенных эпидемиологических показателях, которые давали возможность лишь отнести ту или иную опухоль к широкому и довольно условному гистологическому или морфологическому подклассу. Развивающиеся в последние годы методы анализа дифференциальной экспрессии генов позволяют находить и изучать клинически значимые гены, меняющие уровень экспрессии при злокачественной трансформации клетки. Среди них метод гибридизации на ДНК-чипах, который предоставляет беспрецедентную возможность быстро оценить глобальную картину экспрессии десятков тысяч генов в определенный момент времени и сопоставить результаты детального комбинаторного анализа профилей экспрессии для дискретных состояний и этапов функционирования однотипных опухолевых и нормальных клеток. Получение индивидуальных “генетических портретов” опухолей различных типов способствует нахождению общих закономерностей и индивидуальных отличий в экспрессии отдельных генов, определению их функции и роли в патологическом процессе, а также развитию “молекулярной” нозологии рака. Обзор посвящен описанию основных технологических и методологических принципов использования ДНК-чипов и их применению в молекулярной классификации опухолей, при изучении лекарственной чувствительности и резистентности и для поиска биологических маркеров злокачественных новообразований.

  • АНАЛИЗ ЛИНИЙ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК В ПОПУЛЯЦИИ ЯКУТОВ

    БЕРМИШЕВА М.А., ВИЛЛЕМС Р., МАКСИМОВА Н.Р., ФЕДОРОВА С.А., ХУСНУТДИНОВА Э.К. — 2003 г.

    С целью изучения структуры митохондриального генофонда якутов проанализировали полиморфизм гипервариабельного сегмента I мтДНК (16024-16390 п.н.) в выборке из 191 коренного жителя Республики Саха (Якутия). В этой выборке выявлены 67 гаплотипов мтДНК, которые относятся к 14 гаплогруппам. Подавляющее большинство линий мтДНК якутов (91.6%) принадлежит к гаплогруппам, специфичным для народов Восточной Евразии - A, B, C, D, F, G, M*, Y; 8.4% гаплотипов мтДНК относятся к европеоидным кластерам H, HV1, J, T, U, W. Особенностью митохондриального генофонда якутов является высокая частота типов мтДНК, входящих в азиатский суперкластер М. Суммарная частота линий гаплогрупп С, D, G и недифференцированных типов мтДНК гаплогруппы М (M*) составляет 81%. Наибольшим разнообразием характеризуются гаплогруппы С и D, включающие соответственно 22 (44%) и 18 (30%) гаплотипов. В группе тюркоязычных этносов наиболее низкий показатель генетического разнообразия у якутов (Н = 0.964). Результаты филогенетического анализа линий мтДНК якутов, монголов и населения Средней Азии (казахи, киргизы, уйгуры) подтверждают существование общего генетического субстрата, сложившегося до формирования этих этносов. Среди митохондриальных линий якутов 21 (55.5%) общая с народами Средней Азии и монголами. Сравнение митохондриального генофонда якутов и современных палеоазиатов (чукчи, ительмены, коряки) выявило три гаплотипа (8.9%), совпадающих у якутов и коряков. Результаты анализа мтДНК не соответствуют гипотезе значительного вклада палеоазиатского субстрата в генофонд современного якутского этноса.

  • АНАЛИЗ СОВЕРШЕННЫХ И МИСМАТЧЕВЫХ ДНК-ДУПЛЕКСОВ С ПОМОЩЬЮ ПОЛНОГО ГЕКСАНУКЛЕОТИДНОГО МИКРОЧИПА

    ЛИВШИЦ М.А., МИРЗАБЕКОВ А.Д., ПРОКОПЕНКО Д.В., ХОМЯКОВА Е.Б., ШАРОНОВ А.Ю. — 2003 г.

    Представлен термодинамический анализ дуплексов, сформированных флуоресцентно меченными олигонуклеотидами-мишенями на полном гексануклеотидном микрочипе. В качестве зондов в отдельных гелевых ячейках микрочипа иммобилизованы все 4096 различных шестинуклеотидных цепочек. Для усиления гибридизации к каждому шестичленнику в качестве неселективных “скрепок” добавлены по одному 3'- и 5'-концевому нуклеотиду из эквимолярной смеси всех четырех нуклеотидов. Показано, что кривые плавления олигонуклеотидных дуплексов, образованных на микрочипе и в растворе, весьма сходны. Исследовано влияние ионного окружения на эффективность гибридизации и на дискриминацию мисматчевых дуплексов от совершенных. Изучена возможность компенсации зависимости прочности дуплексов от GC-состава. Показано, что эффективным в сглаживании AT/GC-различий является использование хаотропных агентов, добавление немеченных GC-богатых олигонуклеотидов-конкурентов, а также использование температурного градиента вдоль микрочипа, воспроизводящего распределение температур плавления. Сглаживание с помощью хлористого тетраметиламмония сопровождается некоторым ослаблением дискриминации мисматчевых дуплексов от совершенных.

  • АНОМАЛЬНОЕ МЕТИЛИРОВАНИЕ НЕКОТОРЫХ ГЕНОВ-СУПРЕССОРОВ ПРИ СПОРАДИЧЕСКОМ РАКЕМОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

    ВИШНЕВСКАЯ Я.В., ЖЕВЛОВА А.И., ЗАЛЕТАЕВ Д.В., ЗЕМЛЯКОВА В.В., ЛЮБЧЕНКО Л.Н., НЕМЦОВА М.В., СТРЕЛЬНИКОВ В.В., ТРЕТЬЯКОВА В.А. — 2003 г.

    С использованием мультилокусной метилчувствительной ПЦР определен профиль метилирования CpG-островков, расположенных в промоторных областях генов RB1, p16/CDKN2., p15/CDKN2B, p14/ARF, CDH1, MGMT, H1C1 и N33, в 105 образцах рака молочной железы. Выявлен высокий уровень метилирования основных генов-супрессоров, участвующих в регуляции клеточного цикла по сигнальному пути Cdk-Rb-E2F, RB1 - 17% (18/105) и p16 - 56% (59/105), в 13 случаях метилированы оба гена. CpG-островок гена p15 метилирован лишь в двух случаях (2%). Метилирование CpG-островка гена p14 не обнаружено. В 37% случаев (39/105) установлено метилирование промоторной области гена CDH1. Максимальный уровень метилирования выявлен в промоторной области гена H1C1 - 83 случая из 105 (79%). Уровень метилирования CpG-островков в генах MGMT и N33 не превышал 8% (8/105) и 9% (9/105) соответственно.

  • АССОЦИАЦИЯ ПОЛИМОРФНЫХ МАРКЕРОВ HSERT И SLC6A4 ГЕНА ПЕРЕНОСЧИКА СЕРОТОНИНА С ШИЗОФРЕНИЕЙ У БОЛЬНЫХ РАЗНОЙ ЭТНИЧЕСКОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ

    БИКБУЛАТОВА С.Р., ЗАЙНУЛЛИНА А.Г., ХУСНУТДИНОВА Э.К., ЮРЬЕВ Е.Б. — 2003 г.

    С использованием полимеразной цепной реакции анализировали связь между полиморфными маркерами VNTR и инсерционно/делеционным (I/D) маркером гена переносчика серотонина c шизофренией у больных разной этнической принадлежности. Результаты свидетельствуют о том, что имеются различия в генетической предрасположенности к шизофрении с непрерывным и эпизодическим типами течения, а также о том, что, возможно, имеется ассоциация непрерывного течения шизофрении с генотипом 12/12 у татар и генотипом L/L у русских.

  • БИОСИНТЕЗ МИНИ-АНТИТЕЛ К ФЕРРИТИНУ ЧЕЛОВЕКА В РАСТИТЕЛЬНЫХ И БАКТЕРИАЛЬНЫХ ПРОДУЦЕНТАХ

    БАЛАНДИН Т.Г., БУРЬЯНОВ Я.И., ДЕЕВ С.М., НОСОВ А.М., ОРЛОВА И.В., ПЕТРОВ Р.В., СЕМЕНЮК Е.Г., СТРЕМОВСКИЙ О.А. — 2003 г.

    Осуществлена экспрессия генов рекомбинантных мини-антител к ферритину селезенки человека в виде слитого с барстаром белка в клетках Escherichia coli, трансгенных растениях и суспензионной культуре Nicotiana tabacum. Направление антител в эндомембранную систему растительных клеток обеспечивает стабильность и растворимость рекомбинантного белка, что подтверждено при помощи иммуноблотинга с антителами к барстару. Уровень продукции данного белка был одинаковым как в клетках растений родительских линий, так и растений первого поколения. Конъюгирование мини-антител с барстаром позволило осуществить не только иммунохимическое определение, но и очистку конъюгированных антител из растительного материала, основанную на взаимодействии иммобилизованной на металлоаффинном носителе барназы-His 6 и барстара.

  • ВАРИАНТЫ АДЕНОВИРУСА ТИПА 5 С ДЕЛЕЦИЯМИ В РАННИХ ГЕНАХ: СПОСОБНОСТЬ К СЕЛЕКТИВНОЙ РЕПЛИКАЦИИ В Р53-ДЕФЕКТНЫХ ОПУХОЛЕВЫХ КЛЕТКАХ ЧЕЛОВЕКА

    ГЕОРГИЕВ Г.П., КАЧКО А.В., КИСЕЛЕВ Н.Н., КИСЕЛЕВ С.Л., НЕТЕСОВ С.В., СВЯТЧЕНКО В.А., СОРОКИН А.В., ТЕРНОВОЙ В.А. — 2003 г.

    С использованием сайт-направленного мутагенеза сконструированы варианты аденовируса человека серотипа 5, дефектные по генам Е1А и Е1В. Аденовирус Adel3 с мутацией в гене E1A имеет высокую степень аттенуации для пермиссивных культур клеток независимо от статуса р53 и способен эффективно реплицироваться только на комплементарной клеточной культуре 293. Вариант Adel2 с делецией в гене E1B55K инфицирует комплементарные клетки 293 и р53-дефектные опухолевые клетки человека (A431, SW480 и HEp2) с эффективностью аденовируса дикого типа, тогда как его репликация существенно ограничена в нормальных р53-позитивных клетках. Таким образом, Adel2 обладает способностью селективно инфицировать и лизировать р53-дефектные опухолевые клетки человека in vitro. Введение Adel2 в привитые бестимусным мышам nu/nu опухоли приводит к выраженному подавлению роста этих опухолей (эпидермоидная карцинома человека А431). Полученные результаты свидетельствуют о перспективности Adel2 для разработки средств терапии злокачественных новообразований человека с поврежденным р53.

  • ВЗАИМОДЕИСТВИЕ БЕЛКОВ SECB И SECA С N-КОНЦЕВОЙ ОБЛАСТЬЮ ЗРЕЛОЙ ЩЕЛОЧНОЙ ФОСФАТАЗЫ ESCHERICHIA COLI ПРИ ЕЕ СЕКРЕЦИИ

    НЕСМЕЯНОВА М.А., ХОХЛОВА О.В. — 2003 г.

    Цитоплазматическая стадия секреции белков, которые используют Sec-зависимый секреторный путь, катализируется у Escherichia coli экспорт-специфическим шапероном - белком SecB, и транслокационной АТРазой - белком SecA. Показано, что влияние этих белков на эффективность секреции периплазматической щелочной фосфатазы E. coli зависит от первичной структуры N-концевой области зрелой части предшественника этого белка. Замены аминокислотных остатков вблизи сигнального пептида (положение +2, +3), существенно подавляющие секрецию, снижают и ее зависимость от присутствия в клетках SecB и активности SecA. С использованием коиммунопреципитации выявлено снижение взаимодействия этих белков с предшественником щелочной фосфатазы, несущим мутации в этой области, что указывает на взаимодействие SecB и SecA с зрелой частью пребелка вблизи сигнального пептида.

  • ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ РИБОСОМНОГО БЕЛКА S26 ЧЕЛОВЕКА С ФРАГМЕНТАМИ МРНК И ПРЕ-МРНК ЭТОГО БЕЛКА В ЯДЕРНОМ ЭКСТРАКТЕ КЛЕТОК HELA

    ИВАНОВ А.В., КАРПОВА Г.Г., МАЛЫГИН А.А. — 2003 г.

    Методом фильтрования на нитроцеллюлозных фильтрах с использованием РНК, полученных с помощью транскрипции различных фpaгментов гена рибосомного белка S26 человека (rpS26), показано, что рекомбинантный rpS26 связывается с первым интроном пре-мРНК (кажущаяся константа ассоциации (К а) ~ 5.0 х 10 7 М -1) и в меньшей степени с фpaгментом мРНК (К а ~ 2.0 х 10 7 М -1). О специфичности связывания rpS26 с этими РНК свидетельствует тот факт что К а другого рекомбинантного рибосомного белка человека, S19 (rpS19), с первым интроном на порядок ниже, чем К а rpS26, а связывания rpS19 с фpaгментом мРНК rpS26 практически не происходит. С помощью антител, специфичных к rpS26, показано, что этот белок в составе ядерного экстракта клеток HeLa также связывается с первым интроном своей пре-мРНК и, в меньшей степени, с фpaгментом своей мРНК. В обоих случаях количество связавшихся РНК значительно увеличивается при добавлении в ядерный экстракт рекомбинантного rpS26. Результаты работы позволяют заключить, что rpS26, наряду с другими белками ядерного экстракта (с молекулярными массами 48 и 59 кДа), найденными ранее, участвует в образовании комплексов с пре-мРНК rpS26, функционaльнaя роль которых, возможно, заключается в том, что в них хранятся пре-мРНК, неактивные в сплайсинге.

  • ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ РНК-ПОЛИМЕРАЗЫ ESCHERICHIA COLI С ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩИМ БЕЛКОМ ЭУКАРИОТ

    АРШИНОВА Т.В., ДРАЧКОВА И.А., КОБЗЕВ В.Ф., РАР В.А., РАУ В.А., САВИНКОВА Л.К., СОКОЛЕНКО А.А. — 2003 г.

    Изучали взаимодействие РНК-полимеразы E. coli, ее рекомбинантных полного и минимального ферментов и G-субъединицы, по отдельности, с ТАТА-связывающим белком (ТВР) эукариот. Показано, что в случае предынкубации полной РНК-полимеразы с ТВР в возрастающей концентрации и последующей инкубации с одинаковыми количествами фосфамидного производного ТАТА-содержащего олигодезоксирибонуклеотида, меченного 32Р, по мере увеличения концентрации ТВР уменьшается количество ковалентных комплексов полного фермента с фосфамидным производным меченого олигодезоксирибонуклеотида. Эти данные косвенно свидетельствуют об образовании комплексов РНК-полимеразы с ТВР. С помощью метода задержки в геле показано, что, в отличие от полного фермента, ни минимальный фермент, ни G-субъединица РНК-полимеразы E. coli не взаимодействуют с ТВР: при одновременной инкубации в реакционной смеси образуются как комплексы минимального фермента или G-субъединицы, так и комплексы ТВР с меченым олигодезоксирибонуклеотидом. Эти результаты свидетельствуют о функциональном сходстве РНК-полимеразы E. coli с РНК-полимеразой II эукариот, а также о том, что для выполнения специфических функций субъединицы РНК-полимеразы E. coli должны находиться в ансамбле субъединиц полного фермента.

  • ВИРУСНЫЙ ПРОМОТОРНО-ЭНХАНСЕРНЫЙ ЭЛЕМЕНТ ИНГИБИРУЕТ РЕПЛИКАЦИЮ АВТОНОМНО РЕПЛИЦИРУЮЩИХСЯ ПЛАЗМИД В КЛЕТКАХ МЛЕКОПИТАЮЩИХ

    АНДРЕЕВА Л.Е., АНИСКИНА Ю.В., ГОРНОСТАЕВА С.И., НЕНАШЕВА В.В., НИКОЛАЕВ А.И., ТАРАНТУЛ В.З. — 2003 г.

    Для изучения автономной репликации конструкций, содержащих одновременно элементы репликации и транскрипции, впервые были созданы гибридные плазмиды, несущие ori/ARS-элементы высших эукариот и промоторно-энхансерный элемент цитомегаловируса (CMV). ARS-элемент, использованный для создания рекомбинантной плазмиды pCI.ARS-neo, получен из клонированной нами ранее автономно-реплицирующейся плазмиды pr8a - стабильного автономного трансгена шелкопряда Bombyx mori. В качестве элемента репликации для конструирования плазмиды pCI.ori-neo использовали описанный ранее фрагмент хромосомного ori локуса гена c-myc человека. В опытах по поддержанию плазмид pCI.ARS-neo и pCI.ori-neo в трансгенных мышах, а также в культуре иммортализованных Т-клеток человека обнаружено взаимовлияние репликации и транскрипции, которое в обоих случаях свидетельствует об ингибирующем действии CMV-элемента транскрипции на автономную репликацию модельных конструкций. Этот эффект может отражать некоторые особенности противоречивых отношений транскрипции и репликации генома в клетках высших эукариот.

  • ВЛИЯНИЕ БЕЛКОВ-РЕГУЛЯТОРОВ RCSA И RCSB НА ЭКСПРЕССИЮ LUX-ОПЕРОНА VIBRIO FISCHERI В КЛЕТКАХ ESCHERICHIA COLI

    ЗАВИЛЬГЕЛЬСКИЙ Г.Б., КОТОВА В.Ю., МАНУХОВ И.В. — 2003 г.

    Изучено влияние белков RcsA и RcsB на экспрессию luх-регулона Vibrio fischeri в клетках Escherichia coli. Показано, что RcsA ингибирует активность белка LuxR, в результате чего ослабляется экспрессия lux-генов, кодирующих люциферазу и редуктазу. Двухкомпонентная сигнальная система RcsC-RcsB активирует экспрессию lux-генов V. fischeri в условиях осмотического шока, что усиливает биолюминесценцию клеток E. coli, находящихся в ранней логарифмической стадии роста.

  • ВЫЯВЛЕНИЕ ТРИНУКЛЕОТИДНОЙ ДЕЛЕЦИИ ∆F508 В ГЕНЕ CFTR ЧЕЛОВЕКА ПУТЕМ УФ-ИММОБИЛИЗАЦИИ НА КАПРОНЕ КОМПЛЕКСА ПЦР-ФРАГМЕНТА С ВЫСОКОСПЕЦИФИЧНЫМ ЗОНДОМ

    ДЫМШИЦ Г.М., ЗАРЫТОВА В.Ф., ИВАНОВА Е.М., КАБИЛОВ М.Р., ПЫШНЫЙ Д.В. — 2003 г.

    Исследована возможность выявления делеции ∆F508 в ПЦР-фрагментах участка гена CFTR человека методом колориметрической детекции УФ-иммобилизованного на капроне гибридизационного комплекса ДНК, получаемого с помощью лигирования тандема коротких олигонуклеотидов на ДНК-матрице. Предлагаемый метод позволяет с высокой достоверностью выявлять тринуклеотидную делецию (вставку). Уровень неспецифического сигнала зависит от нуклеотидного состава биотинилированного компонента тандема. Уровень специфического сигнала достоверен при использовании в анализе ПЦР-фрагментов различной длины (200-400 п.н.) независимо от расположения сайта связывания тандема в их последовательности.

  • ГЕНОМ ПЛАСТИД ВЫСШИХ РАСТЕНИЙ И ВОДОРОСЛЕЙ: СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ

    ОДИНЦОВА М.С., ЮРИНА Н.П. — 2003 г.

    Рассмотрены данные о структуре и генах полностью секвенированных пластидных (преимущественно хлоропластных) геномов высших растений и водорослей. У высших растений структура генома и состав генов высококонсервативны. Геномы пластид водорослей менее консервативны и содержат ряд уникальных генов, не встречающихся в хпДНК высших растений. Геномы пластид кодируют белки, участвующие в транскрипции и трансляции, а также белки, связанные с фотосинтезом и фотосин-тетическим метаболизмом. Кратко обсуждаются вопросы происхождения и эволюции пластид. Приведены данные, опубликованные, в основном, до второй половины 2002 г. При написании обзора использована информация, представленная в базах данных OGMP (http:llmegasun.bch.umontreal.calogmplprojectslotherlcp_list.html) и NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov).

  • ДЕНСОВИРУС РЫЖЕГО ТАРАКАНА BLATTELLA GERMANICA: ОБНАРУЖЕНИЕ, НУКЛЕОТИДНАЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ И ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНОМА

    МУХА Д.В., ШАЛ К. — 2003 г.

    Описан новый вирус рыжего таракана Blattella germanica (BgDNV), принадлежащий к семейству Parvoviridae (подсемейство Densovirinae, род Densovirus). Проведен электронно-микроскопический анализ вирусной ДНК и ультратонких срезов тканей рыжего таракана, инфицированных вирусом. Показано, что вирусные частицы размером около 20 нм могут локализоваться как в ядре, так и в цитоплазме клеток. Вирусная ДНК длиной около 1.2 мкм имеет линейную форму. Определена полная нуклеотидная последовательность (5335 п.н.) вирусной ДНК и проведен ее компьютерный анализ. Вирусный геном содержит пять открытых рамок считывания, две из которых соответствуют структурным белкам капсиды, а три - регуляторным белкам. Открытые рамки считывания структурных белков локализуются на одной цепи ДНК, регуляторных белков - на комплементарной. Выявлены потенциальные промоторы и участки полиаденилирования. Проведен структурный анализ концевых инвертированных повторов, содержащих протяженные палиндромные последовательности. Организация генома денсовируса рыжего таракана обсуждается в сравнении с организацией генома других представителей семейства Parvoviridae.