научный журнал по биологии Молекулярная биология ISSN: 0026-8984

О научном журнале«Молекулярная биология»

Журнал Молекулярная биология освещает проблемы молекулярной и клеточной биологии, включая структурную и функциональную геномику, транскриптомику, протеомику, биоинформатику, биомедицину, молекулярную энзимологию, молекулярную вирусологию и иммунологию, теоретические основы биотехнологии, физику и физическую химию белков и нуклеиновых кислот. В отличие от большинства других журналов, освещающих те же проблемы, журнал Молекулярная биология использует мультидисциплинарный подход и представляет полный спектр соответствующих исследований, проводимых в основном в восточной Европе. Журнал Молекулярная биология публикует обзоры, мини-обзоры, экспериментальные и теоретические работы, а также статьи по компьютерному анализу в молекулярной и клеточной биологии. Обзоры и мини-обзоры посвящены вопросам, представляющим интерес для широкого круга читателей. Краткие сообщения публикуются в ускоренном режиме.

Архив научных статейиз журнала «Молекулярная биология»

  • DAX1 – НЕОБЫЧНЫЙ ПРЕДСТАВИТЕЛЬ СУПЕРСЕМЕЙСТВА ЯДЕРНЫХ РЕЦЕПТОРОВ С РАЗНООБРАЗНЫМИ ФУНКЦИЯМИ

    ОРЕХОВА А.С., РУБЦОВ П.М. — 2015 г.

    Ядерные рецепторы – активируемые лигандами факторы транскрипции – играют важную роль в регуляции метаболизма, гомеостаза, дифференцировки и развития, а также в патогенезе многих заболеваний. Активированые лигандами ядерные рецепторы связываются со специфическими нуклеотидными последовательностями в генах-мишенях и активируют их экспрессию. Известны природные лиганды большинства ядерных рецепторов. Необычный представитель суперсемейства ядерных рецепторов белок DAX1 не имеет лиганда и лишен типичного ДНК-связывающего домена. Двадцать лет назад было установлено, что DAX1 играет важную роль в регуляции развития надпочечников и гонад, а также в биосинтезе стероидных гормонов, однако молекулярные механизмы его действия оставались не до конца выясненными. DAX1 способен к взаимодействию со многими представителями суперсемейства ядерных рецепторов, а также с различными корепрессорами и коактиваторами транскрипции, а его функции не ограничиваются регуляцией развития надпочечников и гонад и участием в стероидогенезе. За последние годы прояснилась роль DAX1 в патогенезе Х-сцепленной гипоплазии надпочечников и дозозависимой реверсии пола. Установлено, что DAX1 является важным элементом сети факторов транскрипции, поддерживающих плюрипотентность эмбриональных стволовых клеток мыши. В настоящем обзоре рассмотрены современные представления о свойствах, функциях и механизмах действия DAX1. Охарактеризованы особенности взаимодействия DAX1 с разными белковыми партнерами. Приведены примеры корепрессорного и коактиваторного влияния DAX1 на транскрипцию генов-мишеней. Обсуждена роль DAX1 в патогенезе наследственных заболеваний, а также возможная cвязь белка DAX1 с онкоэндокринными патологиями и его роль в самообновлении эмбриональных стволовых клеток мыши.

  • MIR-128 КАК КЛЮЧЕВОЙ РЕГУЛЯТОР ОНКОГЕННОСТИ

    GUO P., HUANG D.-Q., LUO L.-Y., LV N.-H. — 2015 г.

    МикроРНК (miРНК) – это малые некодирующие РНК, действующие как важные регуляторы функционирования генов. В последнее время интерес к ним неуклонно растет, что связано с их способностью регулировать ключевые признаки злокачественности опухолевых клеток. Очень высок уровень микроРНК-128 (miR-128) в мозге, и в норме она участвует в развитии нервной системы и обеспечении ее функций. В клетках опухолей экспрессия miR-128 нарушается в результате различных генетических и эпигенетических событий. Дисрегуляция miR-128 оказывает сильнейший эффект на онкогенез и развитие опухолей через изменения в процессах клеточной пролиферации, дифференцировки, метаболизма и апоптоза. В этом обзоре рассмотрены самые последние достижения в нашем понимании miR-128, особенно в контексте клинической и фундаментальной онкологии. Дальнейшие исследования, по всей видимости, откроют новые функции miR-128 в биологии рака. Использование miR-128 как диагностического и/или терапевтического инструмента может привести к новым успехам в области диагностики, прогнозирования и лечения многих онкологических заболеваний.

  • S100A3 – НОВЫЙ ГЕН-МИШЕНЬ БЕЛКА КАИЗО В КОЖЕ МЛЕКОПИТАЮЩИХ

    ЖЕНИЛО С.В., ЖИГАЛОВА Н.А., ПРОХОРЧУК Е.Б., СОКОЛОВ А.С. — 2015 г.

    S100A3 IS A NEW TARGET GENE OF KAISO IN MOUSE SKIN, by N. A. Zhigalova*, A. S. Sokolov, E. B. Prokhortchouk, S. V. Zhenilo (Center “Bioengineering” Russian Academy of Sciences, Moscow, 117312 Russia; *e-mail: nzhigalova@gmail.com).

  • АЛЬТЕРНАТИВНЫЕ ПРОМОТОРЫ, ЛОКАЛИЗОВАННЫЕ В ИНТРОНАХ ГЕНА SGMS1, УЧАСТВУЮТ В РЕГУЛЯЦИИ ЕГО ЭКСПРЕССИИ В ТКАНЯХ ЧЕЛОВЕКА

    ДЕРГУНОВА Л.В., ЛИМБОРСКАЯ С.А., РОЖКОВА А.В., СУДАРКИНА О.Ю., ФИЛИППЕНКОВ И.Б. — 2015 г.

    Сфингомиелинсинтаза 1 (SMS1) – жизненно важный фермент, обеспечивающий синтез сфингомиелина и диацилглицерина из фосфатидилхолина и церамида в эукариотических клетках. Ранее мы детально исследовали структуру гена SGMS1 человека и идентифицировали множество его транскриптов. Обнаружены изоформы мРНК, отличающиеся по участку в 5-нетранслируемой области (5-НТО) и кодирующие полноразмерный белок, а также транскрипты, которые возникают в результате альтернативной комбинации экзонов и включают кодирующую область гена и 3-НТО. По данным компьютерного анализа, синтез транскриптов, отличающихся по 5-НТО, начинается с разных промоторов гена SGMS1. Используя метод ПЦР в реальном времени, мы показали, что содержание пяти вариантов альтернативных транскриптов данного гена, отличающихся по 5-НТО, в исследованных нами тканях человека существенно различается. Наиболее велико содержание транскриптов, которые синтезируются под контролем дистального промотора, включающего экзон 1. Меньше количество транскриптов, включающих 5-концевые экзоны, синтез которых обеспечивают промоторы, локализованные в интронах данного гена. Разный уровень содержания транскриптов гена SGMS1, отличающихся по 5-НТО, свидетельствует о том, что использование тех или иных альтернативных промоторов тканеспецифично и, по-видимому, подвержено регуляции. Структура 5-НТО транскриптов гена SGMS1, направляемых альтернативными промоторами, существенно различается, что свидетельствует о регуляции функционирования гена на посттранскрипционном уровне

  • АМПЛИФИКАЦИЯ ГЕНОВ ДЕВЯТОГО СЕМЕЙСТВА ЦИТОХРОМОВ P450 ЧЕРНОГО САДОВОГО МУРАВЬЯ LASIUS NIGER КАК ПРЕАДАПТАЦИЯ К УРБАНИЗИРОВАННЫМ БИОТОПАМ

    КОНОРОВ Е.А., НИКИТИН М.А. — 2015 г.

    Муравьи – одна из древнейших и успешнейших групп эусоциальных животных, распространенных повсеместно. К 2014 году были определены нуклеотидные последовательности геномов восьми видов муравьев, у которых на геномном уровне изучали причины экологического успеха, механизмы кастовой дифференциации и социальной коммуникации. У муравьев значительно увеличено число генов цитохромов P450, вовлеченных в метаболизм ксенобиотиков и эндогенных соединений. Известны субстраты, метаболизируемые некоторыми семействами цитохромов P450, но при этом функции девятого семейства, одного из наиболее амплифицированных, остаются неизвестными. Черный садовый муравей Lasius niger – один из видов, успешно приспособившихся к жизни в городе. C целью изучения механизмов подобной адаптации определена и аннотирована нуклеотидная последовательность генома L. niger, а также методом виртуального скрининга предсказаны функции генов цитохромов Р450 девятого семейства. Полученные данные позволяют предположить, что цитохромы P450 участвуют в метаболизме различных ксенобиотиков – фитотоксинов, микотоксинов и инсектицидов. Мы считаем, что функциональная дивергенция новых дупликаций генов цитохромов P450 девятого семейства изначально была направлена на формирование устойчивости к различным микотоксинам, в частности, вырабатываемым грибами рода Fusarium, а в дальнейшем и к другим ксенобиотикам.

  • АССОЦИАЦИЯ ПОЛИМОРФИЗМА DAZ T > C C РИСКОМ ИДИОПАТИЧЕСКОГО МУЖСКОГО БЕСПЛОДИЯ В СЕВЕРНОМ ИРАНЕ

    HADIYAN S.P., MASHAYEKHI F., SALEHI Z. — 2015 г.

    THE ASSOCIATION BETWEEN DAZ T > C POLYMORPHISM AND IDIOPATHIC MALE INFERTILITY RISK IN NORTH OF IRAN, by S. P. Hadiyan, F. Mashayekhi*, Z. Salehi (Department of Biology, Faculty of sciences, University of Guilan, Rasht, Iran; *e-mail: umistbiology@yahoo.co.uk).

  • АССОЦИАЦИЯ ПОЛИМОРФНЫХ МАРКЕРОВ ГЕНОВ FTO, KCNJ11, SLC30A8 И CDKN2B С САХАРНЫМ ДИАБЕТОМ ТИПА 2

    АВЕРЬЯНОВ А.В., БРОВКИН А.Н., ЛАВРИКОВА Е.Ю., НИКИТИН А.Г., НОСИКОВ В.В., ПОТАПОВ В.А., СМЕТАНИНА С.А., СУПЛОТОВА Л.Н., ХОДЫРЕВ Д.С., ШАМХАЛОВА М.Ш., ШЕСТАКОВА М.В. — 2015 г.

    С целью исследования ассоциации генов FTO, KCNJ11, SLC30A8 и CDKN2B с сахарным диабетом (СД) типа 2 изучали распределение частот аллелей и генотипов некоторых полиморфных маркеров этих генов. Сравнительный анализ распределения частот аллелей и генотипов при патологии и у здоровых людей указывает на то, что гены KCNJ11, SLC30A8 и CDKN2B (но не ген FTO) действительно ассоциированы с этим заболеванием. В исследованной нами русской популяции основную роль в развитии СД типа 2 играют гены, влияющие на уровень синтеза и секреции инсулина в -клетках поджелудочной железы.

  • БАКТЕРИОФАГ : ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ГЕНОМА И ЕГО ЭЛЕМЕНТОВ

    КАМЗОЛОВА С.Г., КРУТИНИН Г.Г., КРУТИНИНА Е.А., ОСИПОВ А.А. — 2015 г.

    Бактериофаг является классическим модельным объектом молекулярной биологии, однако очень мало известно о физических свойствах его ДНК и регуляторных элементов. В данной работе впервые изучены электростатические свойства ДНК и регуляторных элементов фага . Глобальное распределение электростатического потенциала вдоль генома фага неравномерно и соответствует локализации его основных регуляторных элементов в ограниченной области с высоким значением потенциала. Частота посадки РНК-полимеразы на распрямленную хромосому фага прямо коррелирует с величиной ее локального потенциала. Сильные промоторы фага и бактерии-хозяина Escherichia coli имеют выраженные электростатические вышележащие (up)-элементы с различающимися нуклеотидными последовательностями. Сайты присоединения и рекомбинации фага и его хозяина имеют повышенный потенциал, что, вероятно, облегчает их распознавание интегразой. Rho-независимые терминаторы фага и хозяина имеют симметричный М-образный профиль потенциала, слабо зависящий от длины терминаторного палиндрома, и расположены в области значительного повышения потенциала, что, возможно, способствует задержке полимеразы и облегчает формирование терминационной шпильки РНК. Таким образом, практически все элементы генома бактериофага обладают характерными особенностями распределения потенциала, связанными с их структурными свойствами и играющими роль в осуществлении биологических функций. Глобальное распределение потенциала вдоль генома фага отражает архитектуру регуляции его транскрипции и интеграции с бактерией-хозяином.

  • БЕЛОК PIWI КАК КОМПОНЕНТ ЯДРЫШКА У DROSOPHILA MELANOGASTER

    POЗОВСКИЙ Я.М., ГВОЗДЕВ В.А., КЛЕНОВ М.С., МИХАЛЕВА Е.А., СТОЛЯРЕНКО А.Д., ЯКУШЕВ Е.Ю. — 2015 г.

    Эволюционно консервативный ядерный белок Piwi дрозофилы является представителем белков cемейства Argonaute, связывающих короткие PНК. Piwi функционирует в сайленсинге транспозонов с участием piРНК в соматических и герминальных клетках гонад. Мы обнаружили, что в соматических и герминальных клетках яичника, а также в пересеваемой культуре соматических клеток яичника Piwi концентрируется в главном внутриядерном компартменте – ядрышке, участвующем не только в синтезе рибосомной РНК, но и в ответе клетки на разные стрессовые воздействия. Показано, что Piwi колокализуется c маркерными белками ядрышка – фибрилларином и Nopp140. Мутация piwiNt, препятствующая транспорту Piwi в ядро и нарушающая репрессию транспозонов, приводит к 6–8-кратному увеличению экспрессии генов рРНК, оцениваемой по количеству транскриптов инсерций транспозонов в гены 28S рРНК. Обработка живых культивируемых соматических клеток яичника РНКазой удаляет Рiwi из ядрышка. Такой же эффект наблюдается при подавлении активности РНК-полимеразы I, ответственной за синтез рРНК, но не PНК-полимеразы II. Напротив, при тепловом шоке Piwi концентрируется в ядрышке и покидает область нуклеоплазмы. Эти результаты указывают на участие Piwi в модуляции активности PНК-полимеразы I и в ответе на стрессовые воздействия в ядрышке. Обсуждаются возможные неканонические функции Piwi, которые могут определяться не только его участием в сайленсинге транспозонов.

  • В КУЛЬТИВИРУЕМЫХ ЭНДОТЕЛИАЛЬНЫХ КЛЕТКАХ УАБАИН ИНДУЦИРУЕТ RHO-ЗАВИСИМУЮ АКТИВАЦИЮ ROCK И БЛЕББИНГ МЕМБРАН

    ARK M., IBISOLU B., OZDEMIR A., POLAT B., SIMAY Y.D. — 2015 г.

    Малый G-белок Rho и его самые изученные эффекторы, ROCK I и ROCK II, задействованы в нескольких функциональных процессах клетки, в том числе сокращения гладкомышечных и немышечных клеток, миграции и апоптоза. Активация ROCK I каспазой-3, а ROCK II гранзимом В – важные звенья процесса деформации мембран, так называемого блеббинга, или “пузырения”, в деградационной фазе апоптоза. В то же время обнаружено, что сигналинг Rho играет ключевую роль при блеббинге, развивающемся после удаления сыворотки. Ранее показано, что уабаин индуцирует блеббинг мембран и протеолитическое расщепление ROCK I и ROCK II каспазами в эндотелиальных клетках пупочной вены человека (HUVEC). Задача данного исследования состояла в идентификации возможной роли Rho в уабаин-индуцируемом блеббинге мембран. В эндотелиальных клетках уабаин индуцировал, по концентрационно-зависимому принципу, клеточную смерть и мембранный блеббинг. Предварительная обработка эндотелиальных клеток Rho-ингибитором CT04 не отменяла уабаин-индуцированную клеточную смерть, но предотвращала формирование пузырей. Следовательно, в клетках HUVEC при индуцируемой уабаином клеточной смерти образование пузырей зависит от активности Rho. На основании полученных результатов можно полагать, что механизм формирования мембранных пузырей может быть различным – в зависимости от типа клетки и сигнала клеточной смерти.

  • В УСЛОВИЯХ ГИПОКСИИ КОНТАКТИН-1 РЕГУЛИРУЕТ МИГРАЦИЮ КЛЕТОК MKN45 ЧЕРЕЗ РЕГУЛЯЦИЮ RHOA

    GONG S.-P., LI Y., SONG J.-G., YANG G. — 2015 г.

    Недавно показано, что контактин-1 играет ключевую роль в пролиферации и миграции раковых клеток, однако детальный механизм его действия пока неизвестен. Нами показано, что в клетках рака желудка линии MKN45 в условиях гипоксии уровни экспрессии как мРНК, так и белка контактин-1 увеличиваются при экспрессии HIF-1 . Хотя при гипоксии скорость миграции клеток MKN45 увеличивается, их обработка короткими шпилечными РНК (shРНК), нацеленными на ген контактина-1 (CNTN1), обращает этот процесс вспять. В то же время при использовании мутантных конструктов RhoA V14 и RhoA N19 обнаружено, что конститутивно активная форма RhoA предотвращает снижение миграции клеток, вызванное нокдауном CNTN1, в то время как доминантно-негативная форма RhoA блокирует вызываемую гипоксией усиленную миграцию. Кроме того, выявлена способность контактина-1 фосфорилировать активатор RhoA – белок p115 RhoGEF. Таким образом, в условиях гипоксии повышение уровня HIF-1 , по всей видимости, усиливает экспрессию контактина-1, тем самым активируя RhoA и способствуя миграции раковых клеток.

  • ВАКЦИНЫ ПРОТИВ БЕШЕНСТВА: СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ

    КАРПОВ В.Л., КУЗЬМЕНКО Ю.В., ЛАТАНОВА А.А., ПРЕОБРАЖЕНСКАЯ О.В., СТАРОДУБОВА Е.С., ЯРЫГИНА Е.И. — 2015 г.

    Бешенство инфекционное заболевание человека и животных, которое, несмотря на многолетний опыт изучения, до сих неизлечимо. Единственный способ защитить организм от развития болезни своевременная вакцинация и введение антирабического иммуноглобулина в качестве дополнения. Первая вакцинация была проведена еще в XIX веке, с тех пор разработано множество различных антирабических вакцин. Успехи молекулярной биологии и биоинженерии привели к появлению эффективных и безопасных технологий их производства. Сейчас разрабатываются вакцины нового поколения на основе рекомбинантного вируса бешенства или его антигена, гликопротеина (белка G), который продуцируется или в составе других непатогенных вирусов, или в растениях, или в виде ДНК-вакцин. В обзоре рассмотрены современные направления совершенствования антирабических вакцин.

  • ВАРИАНТЫ ОНКОГЕНА LMP1 ВИРУСА ЭПШТЕЙНА–БАРР В КЛЕТОЧНЫХ ЛИНИЯХ РАЗЛИЧНОГО ПРОИСХОЖДЕНИЯ

    ГОНЧАРОВА Е.В., ГУРЦЕВИЧ В.Э., ПАВЛИШ О.А., СЕНЮТА Н.Б., СМИРНОВА К.В., ЩЕРБАК Л.Н., ЯКОВЛЕВА Л.С. — 2015 г.

    Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) широко распространен среди населения земного шара. Инфицирование происходит в детском возрасте и, как правило, без серьезных последствий. В течение жизни вторичное инфицирование, уже другим штаммом вируса, встречается довольно часто. При культивировании В-клеток крови in vitro от лиц, инфицированных несколькими штаммами вируса, только один из них, обладающий выраженным трансформирующим потенциалом, становится доминирующим наряду с элиминацией других. Такой высокотрансформирующий штамм ВЭБ при определенных условиях, по-видимому, способен стать этиологическим агентом ВЭБ-ассоциированной патологии. С целью выяснить спектр высокотрансформирующих штаммов ВЭБ, распространенных среди россиян, нами установлены клеточные линии от больных опухолями, ассоциированными и не ассоциированными с ВЭБ, а также от здоровых индивидов. Последовательности вариантов гена латентного мембранного белка 1 (LMP1) – ключевого онкогена ВЭБ, – амплифицированных из клеток этих линий и лимфоцитов периферической крови доноров, сравнивали с последовательностями LMP1 из клеточных линий, установленных от больных лимфомой Беркитта африканского и японского происхождений. В результате проведенного анализа выявлено генетическое родство всех российских изолятов LMP1 между собой вне зависимости от источника выделения – больных новообразованиями или здоровых лиц – и их отличие от LMP1, амплифицированных из клеточных линий больных лимфомой Беркитта. Таким образом, есть все основания предполагать, что в России – стране, не эндемичной по ВЭБ-ассоциированным патологиям, – любой штамм вируса с любой структурой LMP1, при сочетанном действии дополнительных факторов, может стать этиологическим агентом для ВЭБ-ассоциированных неоплазий.

  • ВЕБ-СЕРВЕР ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ MIРНК, ИХ ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ И САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ

    ВОРОЖЕЙКИН П.С., ТИТОВ И.И. — 2015 г.

    miРНК – это некодирующие регуляторные РНК длиной около 22 н. В работе описан веб-сервер для предсказания miРНК, их предшественников и сайтов связывания. Предсказание основано на использовании сходства последовательностей с известными miРНК 223 организмов или контекстно-структурных скрытых марковских моделей. Показано, что представленные методы предсказания miРНК и pre-miРНК человека превосходят по точности существующие аналоги. В среднем точность определения 5-границ miРНК человека составляет 3.13 н. для случая предсказания одной пары комплементарных miРНК (дуплекса miРНК-miРНК*). Полезной возможностью нашей программы является предсказание дополнительной пары: в этом случае пара, которая находится ближе к реальным miРНК, отклоняется от них в среднем на 1.61 н. Предложенный метод также показывает хорошие результаты предсказания miРНК мыши. Чтобы найти сайты связывания miРНК, реализованы два известных подхода на основе комплементарности и термодинамической стабильности дуплекса miРНК-мРНК и один новый подход, который учитывает конкуренцию между miРНК за сайт. Также рассмотрена роль вторичной структуры в процессинге miРНК. Веб-сервер доступен по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/programs/rnaanalys/.

  • ВЕРОЯТНОСТНЫЙ РАСЧЕТ ЗАРЯДОВЫХ СОСТОЯНИЙ БИОМОЛЕКУЛ, ПОРОЖДАЮЩИХ МАСС-СПЕКТРЫ МНОГОЗАРЯДНЫХ ИОНОВ

    РАЗНИКОВ В.В., РАЗНИКОВА М.О. — 2015 г.

    Работа посвящена получению и анализу информации о зарядовом состоянии ионов биомолекул, полученной по данным масс-спектрометрического эксперимента при ионизации электрораспылением растворов различных биополимеров, в основном, путем решения обратной задачи для расчета вероятностей удерживания протонов и других носителей заряда ионогенными группами биомолекул с известной первичной структурой. Подход новый и не имеет аналогов. Представлены результаты анализа распределений ионов по зарядам с помощью разработанной нами программы “декомпозиция” для масс-спектров нативного и денатурированного цитохрома c. Показана возможность разложения на нормальные составляющие зарядового распределения альбумина, по-видимому, соответствующего различным конформациям биомолекулы. Сформулирован критерий применения описанного нами ранее метода декомпозиции многомерных зарядовых распределений с двумя носителями заряда (протон и, например, ион натрия) для характеризации пространственной структуры биополимеров в растворах. В отличие от известных масс-спектрометрических подходов в данном случае не нужны этапы ферментативного гидролиза или столкновительно-индуцированной диссоциации исследуемых биополимеров.

  • ВЛИЯНИЕ IDO1 НА ДЕЦИДУАЛИЗАЦИЮ У МЫШЕЙ

    CAO H., GUO B., LI D.-D., WU J.-Y., YANG Z.-Q., YIN Y.-H., YUE Z.-P., ZHANG Q.-L. — 2015 г.

    Индолеамин-2,3-диоксигеназа 1 ( ndoleamine 2,3- i xygenase Ido1) – это скоростьлимитирующий фермент, который конвертирует незаменимую аминокислоту триптофан в кинуренин. Цель этого исследования состояла в исследовании экспрессии и регуляции экспрессии Ido1 в матке мышей в процессе децидуализации. Показано, что уровень мРНК Ido1 постепенно увеличивается в течение первых четырех суток беременности, достигая пика на 4-е сут. На 5–8-е сут беременности уровень экспрессии Ido1 в матке был низким. Одновременно с этим наблюдали низкие уровни экспрессия мРНК Ido1 как в децидуализованной матке, так и в клетках стромы, обработанных 8-Br-аденозин-3,5-цикломонофосфатом (8-Br-cAMP). При децидуализации in vitro экспрессия мРНК Ido1 постепенно снижалась. Выявлено, что в условиях децидуализации in vitro сверхэкспрессия Ido1 ингибирует экспрессию генов-маркеров децидуализации – PRL, IGFBP1 и Dtprp, – тогда как ингибирование Ido1 под действием L-1-MT индуцирует экспрессию этих генов. В условиях децидуализации in vitro Ido1 предотвращает пролиферацию стромальных клеток матки и усиливает экспрессию гена Bax, при этом соотношение экспрессии Bax/Bcl2 увеличивается. Кроме того Ido1 модулирует экспрессию гена MMP2. В стромальных клетках матки экспрессию Ido1 стимулируют эстроген и прогестерон. На основании этих результатов можно предположить, что Ido1 играет важную роль в процессе децидуализации и регулируется эстрогеном и прогестероном в стромальных клетках матки.

  • ВЛИЯНИЕ АНТРОПОГЕННЫХ ФАКТОРОВ НА ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ВИДА СОБОЛЬ (MARTES ZIBELLINA L.)

    КАШТАНОВ С.Н., КОЛОБКОВ Д.С., ЛАЗЕБНЫЙ О.Е., МЕЩЕРСКИЙ И.Г., ПИЩУЛИНА С.Л., РОЖНОВ В.В., СВИЩЕВА Г.Р. — 2015 г.

    Исследована генетическая изменчивость семи географических популяций соболя, ареал которых простирается от Предуралья до Дальнего Востока. При использовании панели из восьми ядерных микросателлитных маркеров показано, что популяции соболя из разных географических регионов сохраняют свои индивидуальные генетические особенности, несмотря на влияние антропогенных факторов (промысел и интродукция). Между тремя популяциями Центральной Сибири наблюдается значительное генетическое сходство (расстояния Рейнолдса 0.170–0.200), обусловленное влиянием естественных миграций, которые нивелируют дифференциацию, в то время как между популяциями, расположенными на краях ареала соболя, генетическое различие максимально (0.361). Популяция полуострова Камчатка обособлена и существует как самостоятельная филогенетическая группа. Анализ топологии филогенетического дерева позволяет предположить, что популяции Камчатки и Сихотэ-Алиня наиболее близки к предковой. Несмотря на существование межвидовых гибридов соболя и куницы, уровень межвидовой генетической дифференциации между ними максимален.

  • ВЛИЯНИЕ КАЧЕСТВА ДНК НА РЕЗУЛЬТАТЫ ИЗМЕРЕНИЯ ДЛИНЫ ТЕЛОМЕР

    BOBAK М., ВОЕВОДА М.И., ВОРОПАЕВА Е.Н., МАКСИМОВ В.Н., МАЛЮТИНА С.К. — 2015 г.

    На сегодняшний день данные по взаимосвязи длины теломер с продолжительностью жизни и риском развития различных возрастных заболеваний противоречивы. Эти несоответствия могут быть обусловлены причинами чисто методического характера, например различиями в способах измерения длины теломер, сбора клеток, выделения ДНК и хранения материала. Одно из общих требований к экспериментам, связанным с измерением длины теломер, – использование образцов ДНК высокого качества. В представленном обзоре рассмотрены наиболее распространенные ошибки в измерении длины теломер, связанные с ненадлежащим качеством материала, взятого в исследование.

  • ВЛИЯНИЕ МУТАЦИЙ M680I И M694V НА ТРЕТИЧНУЮ СТРУКТУРУ ДОМЕНА B30.2 ПИРИНА И НА ЕГО ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С КАСПАЗОЙ-1. РЕЗУЛЬТАТЫ КОМПЬЮТЕРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ

    АРАКЕЛОВ Г.Г., НАЗАРЯН К.Б., ОСИПОВ О.В. — 2015 г.

    Мутации М680I иM694V, локализованные в домене B30.2 белка пирина, ответственны за проявление самых распространенных форм семейной средиземноморской лихорадки (ССЛ). Хорошо известно, что дисфункция белкового комплекса пирин-каспаза-1 – основная причина воспаления при этой болезни. Цель данного исследования – обнаружение возможных изменений в третичной структуре мутированного домена B30.2 и определение возможных структурных последствий, влияющих на формирование комплекса пирин-каспаза-1. При помощи компьютерного моделирования показано, что вышеуказанные мутации приводят к структурным перестройкам в третичной структуре домена B30.2, вызывающим смещения сайтов взаимодействия и изменения энергии взаимодействия пирина с каспазой-1.

  • ВЛИЯНИЕ МУТАЦИЙ И МОДИФИКАЦИЙ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ НА ЦИНКИНДУЦИРОВАННОЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ МЕТАЛЛСВЯЗЫВАЮЩЕГО ДОМЕНА -АМИЛОИДА С ДНК

    БОДОЕВ Н.В., ИВАНОВ А.С., КОЗИН С.А., МАКАРОВ А.А., МЕДВЕДЕВ А.Е., МЕЗЕНЦЕВ Ю.В., МИТЬКЕВИЧ В.А., РАДЬКО С.П., ХМЕЛЁВА С.А. — 2015 г.

    Взаимодействие внутриклеточного -амилоида с ДНК считается одним из возможных механизмов патогенеза болезни Альцгеймера. С использованием метода поверхностного плазмонного резонанса проанализировано взаимодействие двух- и одноцепочечной ДНК с синтетическими пептидами, представляющими металлсвязывающий домен -амилоида (аминокислотные остатки 1–16) и его варианты с химической модификацией аминокислотного остатка и точечными аминокислотными заменами, ассоциированными с повышенной нейротоксичностью -амилоида в клеточных тестах. Установлено, что присутствие ионов цинка необходимо для взаимодействия пептидов с ДНК в растворе. Замена H6R приводила к существенному снижению способности домена 1–16 связываться с ДНК. Это находится в согласии с предположением, что координация иона цинка остатками His6, Glu11, His13 и His14 этого домена вызывает появление анионсвязывающего сайта, ответственного за взаимодействие домена с ДНК. Цинк-индуцированная димеризация и олигомеризация домена 1–16, связанная с фосфорилированием Ser8 или наличием свободных амино- и карбоксиконцевых групп, приводила к уменьшению концентрации пептидов, при которой наблюдалось взаимодействие пептид-ДНК. Наличие у этих димеров и олигомеров множественных анионсвязывающих сайтов ответственно за усиление взаимодействия пептида с ДНК. Замена отрицательно заряженного остатка Asp7, находящегося в непосредственной близости к анионсвязывающему сайту домена 1 16 , на нейтральный остаток Asn способствует электростатическому взаимодействию этого сайта с фосфатами полинуклеотидной цепи и усилению тем самым цинкиндуцированного связывания с ДНК.