научный журнал по химии Биоорганическая химия ISSN: 0132-3423

ГУРЕВИЧ А. И., ЕСИПОВ Р. С., КАЧАЛИНА Т. А., КАЮШИН А. Л., КОРОСТЕЛЕВА М. Д. — 1995 г.

Проведено сравнительное изучение уровней экспрессии двух генов - интерлейкина-3 (il3) и эпидермального фактора роста с лидерным пептидом OmpF (lompegf) - в специально сконструированных плазмидах, содержащих различные структуры усилителей трансляции. Показано, что кроме известных ранее участков связывания района инициации трансляции (TIR) мРНК с 16S рРНК (SD, UB1 и DB) существенную роль в усилении инициации трансляции и соответственно уровня экспрессии генов играет возможность дополнительного связывания

ГУРЕВИЧ А. И., ЕСИПОВ Р. С., КАЧАЛИНА Т. А., КАЮШИН А. Л. — 1995 г.

Уровни экспрессии некоторых генов, транскрибирующихся в мРНК с идентичными лидерными последовательностями и даже с идентичными протяженными кодирующими участками генов, могут сильно различаться. С целью установить закономерности такого явления изучены вторичные структуры ряда мРНК, транскрибируемых с серии экспрессионных плазмид. Показано, что влияние вторичной структуры мРНК в районе инициации трансляции (TIR) на эффективность инициации не ограничено возможностью образования шпилек в этом районе; существенную роль играют дальние взаимодействия. При возможности образования комплементарных структур более прочных, чем при взаимодействии участков

ГЛАЗУНОВ В. П., ОДИНОКОВ С. Е. — 1995 г.

Предложен способ определения степени ацетилирования хитина по ИК-спектрам его N-трифторацетата в пленках, полученных из раствора в гексафторизонропаноле. С этой целью осуществлено трифторацетилирование свободных NH 2-гpyпп хитина в его растворе в гексафторизопропаноле ангидридом трифторуксусной кислоты и по полосе карбонила трифторацетамида (1720 см -1) определено содержание трифторацетилированных NH 2-гpyпп. Предлагаемый спектральный способ определения степени ацетилирования хитина применим для образцов хитина, растворимых в гексафторизопропаноле.A method for determination of the degree of chitin acetylation by

АНДРЕЕВ С.М., ГРЕБЕННИКОВА Ж. О., ИВАНОВ В. С., КАРАМОВ Э. В., КОРНИЛАЕВА Г. В., ОСТРОВСКИЙ А. Г., ПАШКОВА Т. А., ХАИТОВ Р. М., ЧИКИН Л. Д., ЯРОСЛАВЦЕВА Н. Г. — 1995 г.

Методом иммуноферментного анализа изучена реактивность 26 синтетических пептидов, представляющих собой последовательности из 12-26 аминокислотных остатков, соответствующих фрагментам белков Т-лимфотропного вируса человека типа I (HTLV-I) р19 (ген gag), gp46 (ген env) и белков, кодируемых геном pol (pol-белки), с 31 HTLV-I-позитивной сывороткой. Установлено, что специфической реактивностью, с высокими титрами антител обладают синтетические пептиды 110-130 и 100-130 (титры до 4050)* белка р19, 174-197 (до 800), 186-201 (до 4050), 191-215 (до 1350), 242-257 (до 800), 272-292 (до 450) белка gp46. Иммунореактивность 7 пептидов фрагментов pol-белков выражена слабо. Сравнительный анализ реактивности перекрывающихся пептидов из белков p19 и gp46 и результатов других авторов позволил уточнить расположение обнаруженных ранее линейных эпитопов в этих белках. Нами идентифицированы новые линейные эпитопы в области 145-158, 272-277 и 292-300 белка gp46

АДИНАЗАДА А., ФЕДОРОВА О. С. — 1995 г.

Изучены количественные характеристики модификации 26-звенного олигодезоксирибонуклеотида TTGCCTTGAATGGGAAGAGGGTCATT (Р) 4-(N-метил-N-2-хлорэтиламино)бензилфосфамидным производным олигонуклеотида рТТСССА (X) в присутствии производных олигонуклеотидов (PhnL)pTTCAAGGCp(L-Phn) (Ε 1) и (Phn-L)pTGACCCTCp(L-Phn) (E 2), где Phn - остаток N-(2-гидроксиэтил)феназиния, L-этилепдиаминовый спейсер. В комплексах РХЕ 1, РХЕ 2 и РХЕ 1Е 2 производные Е 1, Е 2 и реагент X связываются на мишени Ρ в тандеме, причем Е 1 располагается со стороны 3'-конца реагента X, а E 2 - со стороны 5'-конца. Из зависимостей предельной по времени степени модификации мишени Р, а также более коротких мишеней, содержащих участок комплементарного связывания реагента, от концентрации реагента X определены константы образования комплексов РХ, РЕ 1, PE 2, соответственно K X = (4.2 ± 0.6) x 10 4 М -1, K e1 = (1.25 ± 0.44) x 10 7 М -1, K e2 = (2.56 ± 1.22) х 10 6 М -1. Оценены коэффициенты кооперативности совместного связывания X, Е 1 и Е 2 на мишени с образованием комплексов РХЕ 1, РХЕ 2 и ΡΧΕ 1Ε 2: α 1 = 15.7 ±2.1 и α 2 = 8.7 ± 1.2; α 12 = 136.5 ± 2.6. Получены данные, свидетельствующие о том, что E 2 выступает не только в качестве эффектора процесса модификации, но и ингибитора вследствие образования комплекса РЕ 2* с K e2* = (1.97 ± 1.27) х 10 7 Μ -1, не способного присоединять реагент.

ГОТТИХ М. Б., МАКСИМЕНКО А. В., ОРЕЦКАЯ Т. С., ФЕДОРОВА О. А., ШАБАРОВА З. А. — 1995 г.

Изучен механизм химического лигирования ДНК под действием бромциана в присутствии N-замещенного морфолина. Показано, что первой стадией реакции является присоединение цианогруппы к третичному атому азота N-замещенного морфолина с образованием соответствующего четвертичного аммониевого катиона, который и осуществляет активацию фосфатной группы олигонуклеотида. Впервые показано, что этот метод активации можно использовать для получения фосфодиэфирных производных нуклеотидов вне ДНК-дуплекса. Подобраны оптимальные условия проведения химического лигирования.

НОВИКОВ В. К., ПАВЛОВА И. С., ПЛАКСИН Д. Ю., СУХАЧЕВА Е. А. — 1995 г.

На основе полученного ранее набора моноклональных антител к вирусу штриховатой мозаики ячменя (Barley stripe mosaic virus) разработана иммуноферментная тест-система для выявления вируса в очищенном вирусном препарате и в экстрактах листьев и семян зараженных растений. Сравнивали различные варианты прямого сэндвич-ИФА и систему с применением биотинилированных моноклональных антител и конъюгатов стрептавидина с пероксидазой хрена. Чувствительность определения вируса в прямом сэндвич-ИФА составила 26 нг/мл. Введение в систему биотинилированных моноклональных антител и конъюгата стрептавидина с пероксидазой хрена позволило повысить чувствительность до 13 - 14 нг/мл, а применение стрептавидина, конъюгированного с гомополимером пероксидазы из хрена, дало возможность определять вирус в концентрации 4 нг/мл.

БУБНОВА Л. Н., ГЛАЗАНОВА Т. В., КАЛИНИНА Н. М., КЕТЛИНСКИЙ С. А., КУЛИКОВ С. В., ЛЕОНОВА Е. Б., ПАВЛОВА И. Е., САМАРЦЕВ М. А. — 1995 г.

Проведено сравнение трех схем синтеза пентапептида последовательности Glp-Glu-Asp-Cys-Lys-OH. Для защиты меркаптогруппы цистеина использовали ацетамидометильную группу или вели синтез на основе цистина. Показано, что оптимальным является твердофазный способ синтеза с S-ацетамидометильной защитой цистеина и удалением последней действием ацетата ртути перед отщеплением пептида от полимера. Стабилизированный пептид ингибирует пролиферацию клеток костного мозга больных хроническим миелолейкозом в 5 - 20 раз и оказывает умеренное воздействие (ингибирование не более чем в 2 раза) на клетки периферической крови, что делает перспективным его применение для лечения гемобластозов.

ВИЛЕНСКАЯ Н. Д., ГРИНКЕВИЧ В. А., ГРИШИН Е. В., ЗАЙЦЕВ В. Г., ЗАЙЦЕВА Л. Г., ОВЧИННИКОВА Т. В., ПАВЛОВ П. Ф., ПЛУЖНИКОВ К. А., ФЕНЮК Б. А. — 1995 г.

Проведен анализ белкового состава ядов двух видов южноамериканских жалящих муравьев подсемейства Ponerinae: Paraponera clavata и Ectatomma tuberculatum, а также муравья "tangarana". Показано, что наиболее сложным составом (не менее 15 полипептидов) обладает яд муравья Е. tuberculatum. Установлено, что в состав водорастворимых белков ядов муравьев P. clavata и "tangarana" входят в основном кислые белки с р I от 9.5). Для ряда полипептидов проведен N-концевой анализ, и для некоторых из них определена частичная N-концевая аминокислотная последовательность. Показано, что высокомолекулярные полипептиды яда муравья P. clavata незначительно активируют АТР-азную активность F 1-ATP-азы митохондрий, в то время как присутствующие в этом яде низкомолекулярные компоненты небелковой природы довольно сильно ингибируют АТР-азную активность субмитохондриальных частиц и F 1-

ВОЛКОВА Р. И., ГЕНКИНА Г. К., ЖДАНОВА Г. В., КАБАЧНИК М. И., МАЙЗЕЛЬ Е. Б., МАЛЫГИН В. В., МАСТРЮКОВА Т. А., МАХАЕВА Г. Ф., СУНДУКОВ О. В., ШИПОВ А. Э. — 1995 г.

Токсичность и инсектоакарицидная активность соединений Me(EtO)P(S)SCH2N(COOR)(CH2)nCOOR1 в значительной степени зависит от природы аминокислоты (п = 1 или 2) и заместителей в карбаматной и аминокислотной сложноэфирных группах (R и R1). Исследование взаимодействия этих соединений с карбоксилэстеразами млекопитающих, а также соответствующих "оксонов" с холинэстеразами млекопитающих и членистоногих показало, что более низкая токсичность и активность производных β-аланина (п = 2) по сравнению с производными глицина (п = 1) обусловлены более быстрым карбоксилэстеразным гидролизом (детоксикацией). Низкая токсичность дитиофосфоната с R = Me, R1 = Bui, n = 1 и высокая токсичность его изомера с R = Bui, R1 = Me, n = 1 связана с более быстрым окислительным отщеплением изобутильной группы по сравнению с другими заместителями, поскольку при отщеплении R1 происходит детоксикация, а при отщеплении R - активация соединений.

БИЧЕНКОВА Е. В., ВОРОБЬЕВ Ю. Н., ГОРЕНШТЕЙН Л. А., ЛЕБЕДЕВ А. В. — 1995 г.

Методом одно- и двумерной 1H-ЯМР-спектроскопии (400 МГц) продолжено детальное исследование пространственной структуры ковалентного аддукта - продукта внутрикомплексного алкилиро-вания октануклеотида pd[TGTTTGGC] 4-[N-метил-N-(2-хлорэтил)амино]бензил-5'-фосфамидным производным гептануклеотида pd[CCAAACA] в водном растворе. С помощью серии одномерных ЯЭО-экспериментов определены расстояния между сближенными в пространстве протонами олигонуклеотидов, а также между протонами бензиламидного фрагмента и протонами ближайших нуклеотидных звеньев. Анализ эффективного времени корреляции для некоторых пар протонов ковалентного аддукта показал, что значения τс бензиламидного фрагмента и непосредственно взаимодействующих с ним нуклеотидных звеньев С-1 и С-8 совпадают и несколько меньше, чем τc внутренних нуклеотидных звеньев, что отражает возросшую жесткость структуры вблизи участка модификации. С использованием метода ограниченной молекулярной механики предложено вероятное состояние ковалентного аддукта в растворе, наилучшим образом удовлетворяющее полученному из эксперимента набору межпротонных расстояний. Рассмотрены вопросы, связанные с определением расстояния между парой протонов с совпадающими химическими сдвигами и произвольным третьим протоном.

БОГАЧЕВ В. С. — 1995 г.

В результате взаимодействия тимидин-5'-фосфата с трифторуксусным ангидридом в апротонном растворителе в присутствии основания получен смешанный ангидрид тимидин-5'-фосфорной и трифторуксусной кислот. Этот ангидрид быстро и с высоким выходом образует нуклеотидные производные с различными нуклеофильными реагентами (морфолином, n-хлорфенолом, пирофосфатом) после предварительной обработки нуклеофильным катализатором (N-метилимидазолом, 4-диметиламинопиридином). Без указанных катализаторов нуклеотидные производные не образуются. Предложена схема протекания изученных реакций.

ВЕЙКО В. П., ГУЛЬКО Л. Б., РАТМАНОВА К. И., СИПРАШВИЛИ З. З. — 1995 г.

С использованием сайт-направленного мутагенеза сконструированы мутантные формы гена уридинфосфорилазы из Е. coli, кодирующие белки с точечными заменами остатков гистидина: H8N, H47N, H101N, H122N, H152N, H179N и H240N. Изучение ферментативной активности мутантов уридинфосфорилазы показало, что замены остатков His 47, His 101, His 152, His 179 и His 240 на аспарагин не влияют на функционирование белка. Замены H122N и H8N снижают уридинфосфорилазную активность на 60 и 100% соответственно, что свидетельствует о важной функциональной роли остатков

КАШИРИЧЕВА И. И., СТЕПАНОВ А. Е., ШАСТИНА Н. С., ШВЕЦ В. И., ЭЙНИСМАН Л. И. — 1995 г.

Осуществлен полный синтез 1(3)-O-( rac -1,2-дипальмитоилглицерофосфо)-4(6)-O-(2-амино-2-дезок-си-β- D -глюкопиранозил)- sn -мио-инозита и его структурного изомера - 1(3)-O-(2-амино-2-дезокси-β- D -глюкопиранозил)-4(6)-О-( rac -1,2-дипальмитоилглицерофосфо)- sn -мио-инозита через последо-тельные стадии селективного блокирования-деблокирования гидроксильных групп циклитного кольца, введения аминогликозидного остатка в условиях оксазолинового метода гликозилирования и образования фосфодиэфирной структуры в замещенных производных мио -инозита с использованием двух вариантов водород-фосфонатного метода.

КАРПОВА Г. Г., КОПАНЦЕВ Е. П., МЕРТВЕЦОВ Н. П., МУРАВЛЕВ А. И., ФИЛИПЕНКО М. Л., ЯНЦЕН Е. И. — 1995 г.

Предложен новый способ картирования транскрипционно активных генов рибосомных белков на хромосомах человека. Метод основан на детекции экспрессии мРНК рибосоыного белка человека в гибридных клетках грызун x человек, несущих разные хромосомы человека. С помощью этого метода на хромосоме 15 был локализован функциональный ген рибосомного белка S17 человека и подтверждена локализация гена рибосомного белка S14 на хромосоме 5.A new method of mapping transcriptionally active genes of ribosomal proteins onto human chromosomes is proposed. The method is based on the detection of the expression of human ribosomal protein mRNA in rodent-human hybrid cells carrying different human chromosomes. Using this method, the functional gene of the human ribosomal protein S17 was mapped and the location of the S14 ribosomal protein gene on chromosome 5 was confirmed.

КАРПОВА Г. Г., КОПАНЦЕВ Е. А., МЕРТВЕЦОВ Н. П., МИШИН В. П., МУРАВЛЕВ А. И., СУТУРИНА Ю. А., ФИЛИПЕНКО М. Л. — 1995 г.

Клонированы и секвенированы фрагмент кДНК и интронсодержащий фрагмент гена рибосомного белка L19 (RPL19) человека, интроны генов рибосомных белков человека S26 (RPS26) и L32 (RPL32). С использованием панели ДНК из гибридов человек-грызун, несущих разные наборы хромосом человека, методом ПЦР осуществлена локализация интронсодержащих генов указанных рибосомных белков на хромосомах человека.A fragment of cDNA and an intron-containing fragment of the human L19 ribosomal protein (RPL19) gene, and introns of the human ribosomal proteins S26 (RPS26) and L32 (RPL32) genes were cloned and sequenced. The intron-containing genes of these ribosomal proteins were mapped to human chromosomes by means of polymerase chain reaction (PCR) using a human/rodent hybrid DNA panel.

АКОПОВ С. Б., НИКОЛАЕВ Л. Г., СВЕРДЛОВ Е. Д., ЦОГТХИШИГ Ц. — 1995 г.

Для хромосомы 19 человека получена и охарактеризована плазмидная библиотека последовательностей, избирательно связывающихся с ядерным матриксом, содержащая около 400 клонов. По результатам анализа, около 50% клонов библиотеки содержат последовательности ДНК, специфичные для хромосомы 19 человека. Более 90% из них являются матрикссвязывающими. Восемь MARs были локализованы на физической карте хромосомы 19.A plasmid library (400 clones) of the human chromosome 19 sequences selectively binding to nuclear matrix was obtained and characterized. Approximately 50% clones contained DNA sequences specific for human chromosome 19. Over 90% of these sequences represented matrix attachment regions (MARs). Eight MARs were localized to the chromosome 19 physical map.

ГОДОВИКОВА Т. С., ЗАРЫТОВА В. Ф., СЕРГЕЕВ Д. С. — 1995 г.

Впервые на основе олигонуклеотидов созданы реагенты, способные осуществлять сайт-специфические разрывы ДНК в каталитическом режиме. Продемонстрирована способность одной молекулы реагента (Blm-R)pd(CCAAACA), содержащего остаток блеомицина А 5 (Blm-RH), деградировать три молекулы ДНК-мишени pd(TGTTTGGCGAAGGA). Показано, что каталитическая активность реагента наиболее полно проявляется в температурном интервале, близком к температуре плавления комплекса реагент .ДНК-мишень. Число молекул мишени, подвергшихся воздействию блеомицинового реагента, ограничено разрушением самого остатка антибиотика в ходе окислительной деструкции ДНК-мишени. В условиях эквимолярного соотношения реагента и ДНК-мишени каталитическая активность реагента проявляется в последовательной деградации мишени по остаткам G 7, Т 5, Т 4 и Т 3. В случае 10-кратного избытка мишени по отношению к реагенту регистрируется ее деградация на 30% в основном по единственному положению - G 7.

КАЗАНЦЕВ А. В., МАКСАКОВА Г. А., ФЕДОРОВА О. С. — 1995 г.

Изучена кинетика фотомодификации при 37°С 26-звенного дезоксирибоолигонуклеотида pTTGCCTTGAATGGGAAGAGGGTCATT производными комплементарных олигонуклеотидов рТСТТСССАТТС, рТСТТСССА и рТТСССА, несущими на концевой фосфатной группе остаток ( п -ази-дотетрафторбензоил)аминопропиламина (-ArN 3) (реагенты (I), (II), (III) соответственно). Установлено, что в ходе облучения реагенты инактивируются с потерей сродства к мишени. Предложено кинетическое уравнение, описывающее процесс модификации. Из зависимости предельной по времени степени модификации от концентрации реагентов определены константы ассоциации реагентов с мишенью ( K х ), равные (9.9±0.4)х10 4, (1.1±0.1)х10 5, (8.4±2.1)х10 6 М -1, для реагентов (I), (II) и (III) соответственно и эффективность модификации в комплексе (γ ef ), равная для всех реагентов ≈0.3. Из зависимости степени модификации [ PZ ]/ p 0 от времени для реагента (

КАРПОВА Г. Г., МЕРТВЕЦОВ Н. П., МИШИН В. П., МУРАВЛЕВ А. И., ФИЛИПЕНКО М. Л. — 1995 г.

A polymerase chain reaction strategy was employed to isolate cDNA encoding L11 human ribosomal protein. Based on the known nucleotide sequence of 5'-region of the ribosomal protein L11 mRNA, we have designed primers and used them in amplification of corresponding sequence of human cDNA from total placenta cDNA. The fragment of RPS26 cDNA was cloned in plasmid vector and sequenced. Sequence analysis showed that there is high homology (88%) between coding regions of RPS26 mRNAs in rat liver and human placenta. The amino acid exchanges were observed at positions: 91 (Asp→Glu), 217 (Thr→Ala), 352 (Lys→Glu).