научный журнал по химии Биоорганическая химия ISSN: 0132-3423

ГРОЗА Н. В., ИВАНОВ И. В., МЯГКОВА Г. И. — 1995 г.

Предложен новый вариант синтеза (5Z,8Z,11Z,14Z,17Z)-эйкозапентаеновой (тимнодоновой) кислоты и ее ацетиленового предшественника - 5,8,11,14,17-эйкозапентаиновой кислоты - с использованием полиацетиленовой стратегии и известной реакции кросс-сочетания пропаргильных фрагментов с ω-ацетиленовыми компонентами в присутствии иодидов одновалентной меди и натрия с образованием купраторганических соединений и пропаргильных иодидов в процессе реакции.A novel procedure of synthesis of (5Z,8Z,11Ζ,14Ζ,17Ζ)-5,8,11,14,17-eicosapentaenoic (timnodonic) acid and its acetylenic precursor, 5,8,11,14,17-eicosapentaynoic acid was developed. It uses polyacetylene strategy and a known reaction of cross-coupling between propargyl units and co-acetylenes in the presence of copper(I) and sodium iodides and involves the in situ formation of organocopper compounds and propargyl iodides.

АСТАПОВА М. В., ДРАНИЦЫНА С. М., КОСТАНЯН И. А., ЛИПКИН В. М., СТАРОВОЙТОВА Е. В. — 1995 г.

Из культуральной среды промиелоцитарной лейкемической клеточной линии HL-60 выделен новый белковый фактор с молекулярной массой 8.2 кДа, обладающий дифференцирующей активностью по отношению к исходной клеточной линии. Путем параллельного анализа аминокислотной последовательности белка и нуклеотидной последовательности соответствующей кДНК определена первичная структура фактора. Молекула фактора дифференцировки, секретируемого клетками линии HL-60, содержит 54 аминокислотных остатка и гликозилирована.A new 8.2-kDa protein factor was isolated from cell culture of a promyelocyte leukemic HL-60 cell line that exhibited a differentiation-inducing effect upon the initial cell line. The primary structure of this factor was determined by sequencing the protein (N-terminal region) and the corresponding cDNA. A molecule of the differentiation factor secreted by HL-60 cells consisted of 54 amino acid residues and was glycosilated.

АНДЕРСЕН Ж., БИДЕРМАН К., ПЕДЕРСЕН Ю., РОЕПСТОРФ П., ФИЛИМОНОВА М. Н. — 1995 г.

Охарактеризованы по молекулярной массе, определенной электроспрей-масс-спектрометрией, изоформы природной и рекомбинантной нуклеаз Serratia marcescens. Природную нуклеазу выделяли из культуральной жидкости бактерии S. marcescens В10М1, рекомбинантную получали в результате культивирования клеток Escherichia coli МТ102, несущих плазмиду p403-SD2 с геном нуклеазы пис. Первичная структура каждой из изоформ, выделенных из препаратов нуклеаз, была установлена путем сопоставления их молекулярных масс с известной аминокислотной последовательностью, являющейся производной от нуклеотидной последовательности гена пис. Установлено, что оба препарата включали одинаковые варианты нуклеазы с отщеплениями в области N-конца. Однако количество изоформ в природной нуклеазе было значительно больше, чем в рекомбинантной. Структура некоторых изоформ была подтверждена N-концевым анализом.

БИДЕРМАН К., ПЕДЕРСЕН Ю., РОЕПСТОРФ П., ФИЛИМОНОВА М. Н. — 1995 г.

Плазменно-десорбционной масс-спектрометрией (ПДМС) протеолитических пептидов, выделенных обращенно-фазовой ВЭЖХ, полностью охарактеризованы первичные структуры нуклеаз Sm1, Sm2, Sm3, продуцируемых бактерией Serratia marccscens. Изоформы разделяли анионообменной хроматографией на колонке с DEAE-целлюлозой и подвергали гидролизу лизинспецифичной эндопротеиназой Lys-C. Сравнительный анализ пептидов, идентифицированных ПДМС, показал, что все три нуклеазы являются N-концевыми вариантами одного и того же белка: Sm2 представляет собой "зрелую" форму белка, в

КАДУН А. Л., ПЕРТЕЛЬ С. С., ЧИРВА В. Я. — 1995 г.

Описывается получение и кислотный гидролиз 2-алкилглико[2,1-d]-2-оксазолинов как метод мягкого селективного N-дезацилирования и метод стереоспецифического получения 1,2-цис-1-O-ацильных производных в ряду 2-ацетамидо-2-дезокси-D-глюкозы. Осуществлены синтезы 2-ацетамидо1-O-бутаноил-3,4,6-три-O-ацетил-2-дезокси-α-D-глюкопиранозы и 2-пальмитоиламидо-4-O-(2-ацетамидо-3,4,6-три-O-ацетил-2-дезокси-β-D-глюкопиранозил)-1,6-ди-O-ацетил-2-дезокси-3-O-[D-1-(метоксикарбонил)этил]-α-D-глюкопиранозы - ключевого вещества для синтеза нового липофильного дисахаридного аналога мурамоилдипептида.

ГРЕЧКИН А. Н., ИЛЬЯСОВ А. В., ФАЗЛИЕВ Ф. Н. — 1995 г.

БЕЗУГЛОВ В. В., КОГТЕВА Г. С., КУКЛЕВ Д. В., ЛАТЫШЕВ Н. А. — 1995 г.

Впервые показано, что ODPA - (3Z,6Z,9Z,12Z,15Z)-октадекапентаеновая кислота - легко подвергается ферментативному окислению соевой 15-липоксигеназой с образованием новых оксилипинов. Первичный продукт перекисного окисления был идентифицирован как (13S,3Ζ,6Ζ,9Ζ,11E,15Z)-13-гидропероксиоктадекапентаеновая кислота, двум вторичным продуктам была приписана структура (13S,3Z,6Z,9Z,11E,15Z)-13-гидроксиоктадекапентаеновой кислоты и (3Z,6Z,9Z,11E)-13-оксотридекатетраеновой кислоты на основании данных ЯМР, УФ и масс-спектрометрии. Было отмечено отсутствие среди продуктов липоксигеназного окисления 9-региоизомеров и кетодиенов.

БЕКМАН Н. И., ВАСИЛОВ Р. Г., ДАНИЛОВА Н. П., ЖЕЛЕЗНОВА Е. В., МАКСУТОВА А. Л., ПОДЫМОВА Н. Г. — 1995 г.

Сравниваются характеристики двух вариантов твердофазного иммуноферментного анализа (ИФА) фенобарбитала, основанных на принципе прямого и непрямого ИФА. Оба метода разработаны на основе одних и тех же моноклональных антител, в качестве метки в обоих случаях применялась пероксидаза хрена. При использовании в качестве твердой фазы планшетов для микротитрования предпочтение следует отдать методу, основанному на принципе непрямого ИФА, в котором происходит конкуренция фенобарбитала из пробы и фенобарбитала, сорбированного на планшетах в виде конъюгата с белком, за связывание с антифенобарбиталовыми антителами, меченными пероксидазой. В непрямом ИФА объем пробы 5 мкл, длительность анализа 40 мин, коэффициент вариабельности

БАРУ М. Б., ДАНИЛОВ А. В., МОШНИКОВ С. А., МУСТАЕВА Л. Г., СУХОВ И. Е. — 1995 г.

Разработан протокол твердофазного синтеза пептидов в автоматических синтезаторах MilliGen/Biosearch 9500 и 9600 со встроенными проточными реакторами переменного объема. Для оптимизации параметров процесса использовались данные свеллографического мониторинга. На модернизированных синтезаторах по разработанному протоколу синтезированы пептиды, содержащие от 10 до 21 аминокислотных остатков. Продемонстрирована значительная экономия используемых в синтезе растворителей и реагентов при удовлетворительном качестве синтезированных пептидов.

ЗАБОЛОТСКИХ В. Ф., КЛИМЕНКО Л. В., МЕДВЕДКИН В. Н., МИТИН Ю. В., ПЕРМЯКОВ Е. А., СОРОКИНА М. Н. — 1995 г.

Высокореакционноспособные гидрофильные ("водорастворимые") п -сульфотетрафторфениловые эфиры (Tfs-эфиры) предложены для пептидного синтеза в водной и водно-органической среде, а также для полусинтеза белков и пептидов в водной среде. Указанные эфиры могут служить основой для создания серии реагентов для химической модификации белков. Являясь аналогами прекрасно зарекомендовавших себя пентафторфениловых эфиров, Tfs-эфиры обладают высокой реакционной способностью в сочетании с хорошей стабильностью при хранении. Показано, что выражение для скорости реакции (для субстратов АА 1 и АА 2) имеет вид: v = k [Boc-AA 1-OTfs][H-AA 2-NH 2] 0.5 как для воды, так и для DMF, т.е. реакция не является обычной реакцией второго порядка. При этом скорость реакции в воде лишь ненамного ниже, чем в

КОЧЕТОВ А. В., ЛУКАШЕВА В. В., МЕРТВЕЦОВ Н. П., РИВКИН М. И., ФИЛИПЕНКО М. Л. — 1995 г.

На основании известной первичной структуры гена панкреатической рибонуклеазы мыши выбраны два дезоксирибоолигонуклеотида в качестве праймеров для амплификации гена панкреатической рибонуклеазы человека. Проведено клонирование полученного в результате полимеразной цепной реакции фрагмента ДНК и определена его нуклеотидная последовательность. Осуществлена локализация гена панкреатической рибонуклеазы на хромосоме 14 человека.On the basis of the known primary structure of the gene for murine pancreatic ribonuclease, two deoxyoligonucleotides were selected as primers for amplification of human pancreatic ribonuclease gene. The PCR amplified DNA fragment was subsequently cloned, and its nucleotide sequence was determined. Pancreatic ribonuclease gene was localized on human chromosome 14.

ЖОРОВ О. В., ЗУБОВ В. П., ЛУКИН Ю. В., МАРЦЕВ С. П., ПРЕЙГЕРЗОН В. А. — 1995 г.

Иммуносорбент, полученный ковалентной иммобилизацией антител на полиакролеиновом латексе, исследован в сравнении с сорбентами на основе микрокристаллической целлюлозы и поверхностью полистирольных пробирок в двухцентровом иммунорадиометрическом анализе ферритина. Показано, что полиакролеиновый латекс обеспечивает ковалентное связывание до 75 мг белка на 1 г сухого полимера с эффективностью иммобилизации 50 - 70% и высокой эффективной константой ассоциации иммобилизованных антител (Κа = 4.5 х 109 Μ-1). Соответствующие характеристики для сорбента на основе микрокристаллической целлюлозы составляли 33 мг/г, 25 - 33% и 4.3 х 108 М-1. В иммунорадиометрическом анализе ферритина иммуносорбенты на основе полиакролеинового латекса и целлюлозы обеспечивают близкую по величине аналитическую чувствительность на уровне (0.7 - 0.9) х 10-13 Μ ферритина и демонстрируют возможность устранения "хук-эффекта", По сравнению с иммуносорбентом на основе полистирольных пробирок преимущества полиакролеинового латекса заключаются в снижении минимальной определяемой концентрации (повышении аналитической чувствительности), в расширении динамического диапазона анализа и отсутствии "хук-эффекта".

ГОЛОВИНА Т. Н., МАКАРОВ Е. А., НЕСМЕЯНОВ В. А., САМОХВАЛОВА Л. В., СУМАРОКА М. В., ШЕБЗУХОВ Ю. В. — 1995 г.

С использованием радиолигандного анализа показано, что на поверхности перитонеальных макрофагов мыши имеется несколько сотен высокоаффинных GMDP-саязывающих центров с константой связывания 350 пМ. Методом фотоаффинного мечения внутри перитонеальных макрофагов мыши обнаружены белки с молекулярными массами 32-34 и 38 кДа, специфически связывающие GMDP. Белки с массами 32-34 кДа обнаруживались также методом Вестерн-блот-анализа с использованием биотинилированного конъюгата полиакриламида с иммобилизованным на нем

ДОБРИКОВА Е. Ю., ПЛЕТНЕВ А. Г. — 1995 г.

С помощью обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции получены фрагменты кДНК некодирующих участков генома вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Эти фрагменты клонированы в составе вектора pGEM3, определена их нуклеотидная последовательность и показана гетерогенность 3'-концевой нетранслируемой области РНК ВКЭ. С целью создания стабильной полноразмерной ДНК-копии генома ВКЭ в векторе на основе pBR322 клонированы 4 варианта кДНК вирусной РНК, различающиеся длиной и структурой 3'-концевой последовательности.

КУЛИКОВ Ю. В., МИХАЙЛОВА И. Ю., ПЛЕТНЕВ В. З., ФОНАРЕВ Ю. Д., ЦЫГАННИК И. Н. — 1995 г.

КАЛИБЕРДА Е. Н., РУМШ Л. Д. — 1995 г.

Гликопептиды были получены последовательными пепсиновым (гликононапептид) и трипсиновым (гликогексапептид) гидролизами овальбумина. Описана методика (ВЭЖХ) определения активности гликопептидамидазы А с использованием флуоресцентно меченных (Dns) гликопептидов. Определены кинетические константы гидролиза специфических субстратов гликопептидамидазой А. Показано, что предпочтительным субстратом гликопептидамидазы А является гликогексапептид Dns-Tyr(Dns)-Asn(CHO)-Leu-Thr-Ser-Val.Giycopeptides were obtained by the pepsin (glycononapeptide) and trypsin (glycohexapeptide) hydrolysis of ovalbumin. A method (HPLC) of the glycopoptidamidase activity determination with a fluorescent-labelled (Dns) giycopeptides is described, and kinetic constants of hydrolysis of specific substrates by glycopeptidamidase A are determined. Dns(O-Dns)Tyr-Asn(CHO)-Leu-Thr-Ser-Val is shown to be a specific substrate of the glycopeptidamidase A.

АРСЕНЬЕВ А. С., БОЧАРОВ Э. В., МАСЛЕННИКОВ И. В. — 1995 г.

По данным двумерной спектроскопии 1H-ЯМР рассчитана пространственная структура синтетических пептидов, аналогов трансмембранных сегментов С (остатки 67 - 106), Ε (128 - 162) и G (190 - 233) бактериоопсина Halobacterium halobium, солюбилизированных в смеси метанол-хлороформ (1 : 1) с 0.1 Μ LiClO 4. Сегмент С образует правую α-спираль на участке Pro77 - Val101. Остаток Рrо91 в середине α-спирали индуцирует ее "излом" на 25°. Сегмент Ε образует правую α-спираль на участке Val136 - Ser158. Сегмент G имеет α-спиральный участок, начинающийся с СО-группы Ile198 и заканчивающийся N aH-гpyппой Arg227. Величины торсионных углов боковых цепей χ 1 однозначно определились для большинства аминокислотных остатков α-спиральных участков. Конформации боковых цепей некоторых аминокислотных остатков трансмембранных сегментов бактериоопсина в растворе отличаются от определенных ранее по данным электронной микроскопии. Уточнены конформации участков, терминирующих α-спирали сегментов С и Е.The spatial structure of synthetic peptides with transmembrane segment sequences С (residues 67 - 106), Ε (128 - 162), and G (190 - 233) of bacterioopsin from Halobacterium halobium solubilized in methanol-chloroform 1 : 1 containing 0,1 Μ LiClO 4 was computed based on 2D 1H NMR data. Segment С forms a right α-helix between Pro77 and Val101. The residue Pro91 within the α-helix induces a 25° "kink". Segment Ε forms a right α-heiix between Val136 and Ser158. Segment G includes α-helical region, which begins from CO of Ile198 and ends at N α-H of Arg227. The torsion angles, χ 1, of the side chains were unambiguously determined for most of the residues within the α-helical regions. Conformations of some side chains of the transmembrane segment residues in the solution were found to differ from their previously reported conformations determined by electron microscopy. Conformations of the sites terminating the С and Ε segment α-helices were refined.

КАЗАНИНА Г. А., МИРГОРОДСКАЯ Е. П., МИРГОРОДСКАЯ О. А., ХАЙТЛИНА С. Ю. — 1995 г.

С использованием офВЭЖХ и масс-спектрометрии с электрогидродинамическим способом ионизации исследовано действие актиндеградирующей протеиназы ЕСР 32 Е. со li на С-пептид из рекомбинантного проинсулина человека, инсулин свиньи и мелиттин. Показано, что протеиназа гидролизует только мелиттин с расщеплением связей Ala 15-Leu 16 или Leu 16-Ile 17 ( K т 2.4 x 10 -6 Μ). Изучено влияние рН и состава буфера на скорость ферментативной реакции. рН-Оптимум гидролиза мелиттина ~7. Отмечено ингибирующее действие фосфат-ионов и активирующее действие АТР на ферментативный гидролиз мелиттина. Предложено использовать мелиттин для определения активности протеиназы ЕСР 32.

БАРАНОВСКИЙ А. В., ЛИТВИНОВСКАЯ Р. П., ОВЧИННИКОВ Ю. Э., СТРУЧКОВ Ю. Т., ХРИПАЧ В. А. — 1995 г.

Методом рентгеноструктурного анализа исследована молекулярная и кристаллическая структура (22R,24R)-3β-ацетокси-24-метил-5α,6α-эпоксихолестан-22,24-диола, ключевого промежуточного соединения в синтезе полиоксистероида, выделенного из мягкого коралла Asterospecularia randalli. Вещество дает моноклинные кристаллы при 160 K: а 13.838(2), b 7.542(3), с 13.867(4) Å, пространственная группа Р21. Стереохимия боковой цепи 22R, 24R.The molecular and crystal structures of (22R,24R)-3β-acetoxy-5α,6α-epoxy-24-methylcholestan-22,24-diol, an intermediate in the synthesis of a new natural pentol from Asterospecularia randalli, was determined by X-ray analysis: monoclynic crystals, space group Р21 with a = 13.838(2), b = 7.542(3), с = 13.867(4) Å; (22R,24R) configuration.

ГОДОВИКОВА Т. С., ЗАРЫТОВА В. Ф., СЕРГЕЕВ Д. С. — 1995 г.

Показано, что производные гексадекатимидилата, содержащие ковалентно присоединенный остаток противоопухолевого антибиотика блеомицина А5, способны образовывать тройной комплекс с двухцепочечной 30-звенной ДНК-мишенью и в составе этого комплекта осуществлять комплементарно-адресованную модификацию. Вместе с этим в условиях 5-кратного избытка реагента по отношению к мишени наблюдается неспецифическое расщепление в основном пиримидинбогатой цепи ДНК-мишени. Сопоставление общих степеней расщепления цепей мишени 5'- и 3'-блеомициновыми производными гексадекатимидилата (25 и 35% для пуринбогатой и 47 и 36% для пиримидинбогатой цепи) с неспецифическим расщеплением (6% для пуринбогатой и 16% для пиримидинбогатой цепи), вызванным 5'-блеомициновым производным гексадекануклеотида, не образующим тройной комплекс, свидетельствует о преобладании сайт-специфического расщепления над неспецифическим. Плавление триплекса, образованного 5'-блеомициновым производным гексадекатимидилата с ДНК-мишенью, происходит при температуре на 5°С ниже (т. пл. 40°С), чем плавление аналогичного триплекса, образованного гексадекатимидилатом. При понижении температуры с 50 до 20°С степень расщепления ДНК-мишени возрастает в соответствии с долей молекул мишени, находящихся в тройном комплексе.