научный журнал по химии Биоорганическая химия ISSN: 0132-3423

БЕЗУГЛОВ В. В., КУКЛЕВ Д. В. — 1994 г.

A conventional one-pot procedure is described for the synthesis of pyrrolidides from natural labile carboxylic acids (prostaglandins, epoxy-, hydroxy-, ketoacids) through a mixed anhydride (isobutylchloroformate and triethylamine in THF, 15 min at -20° C) followed by treatment with pyrrolidine (10 min at 25° C) and evaporation. The compounds obtained gave readily interpretable mass spectra, thus showing that pyrrolidides can be used for the identification of oxygenated naturally occurring carboxylic acids by mass spectrometry.

СТЕПАНОВ А. Е., ШАСТИНА Н. С., ШВЕЦ В. И., ЭЙНИСМАН Л. И. — 1994 г.

The oxazoline method and two modifications of the hydrogenphosphonate method were used to obtain inositol-containing glycolipids.

БЛЮМЕНФЕЛЬД М., ВАССЕР М., ВОЛКОВ Е. М., ДОЛИННАЯ Н. Г., КРЫНЕЦКАЯ Н. Ф., МЕРЕНКОВА И. Н., ОРЕЦКАЯ Т. С., РОМАНОВА Е. А., ШАБАРОВА З. А. — 1994 г.

An effective method for the oligonucleotide cyclization using BrCN-induced chemical ligation was developed. The novel idea to incorporate non-nucleotide inserts makes the process of cyclizations independent of the inner secondary structure of the linear precursor. An set of assays were developed to confirm the cyclic structure of the compounds obtained.

АЛЕКСАНДРОВ С. Л. — 1994 г.

Методом молекулярной механики проанализированы тетраэдрические интермедиаты ацилирования α-химотрипсина N-замещенными амидами дипептидов. Установлена доминирующая роль С-концевых взаимодействий как в кинетической специфичности, так и в специфичности протонирования уходящей группы. Показано, что кинетическая специфичность сериновых протеиназ определяется переходом между двумя формами тетраэдрического производного субстрата на предстационарной стадии.Tetrahedral intermediates of the α-chymotrypsin acylation by N-protected amide dipeptide substrates having different leaving groups were analyzed by means of the molecular mechanic method. A predominant role of the С-terminal interactions in the leaving group protonation and in the development of a kinetic specificity was determined. The kinetic specificity of serine proteases was shown to be controlled by the transformation of various forms of tetrahedral substrate intermediates at the presteady stage.

БАЛТИНА Л. А., ВАСИЛЬЕВА Е. В., РЫЖОВА С. А., ТОЛСТИКОВ Г. А. — 1994 г.

Осуществлен синтез новых тритерпеновых гликопептидов - производных β-глицирризиновой кислоты с использованием бензиловых (4-нитробензиловых) эфиров L-аминокислот. Активацию карбоксильных групп гликозида осуществляли с помощью N-гидроксибензотриазола-N,N'-дициклогексилкарбодиимида. Деблокирование полученных соединений проводили каталитическим гидрогенолизом над Pd/C.Novel triterpene glycopeptides - derivatives of β-glycyrrhizic acid - were synthesized by a condensation of the glycoside, without preliminary protection of the hydroxyl groups, with benzyl (4-nitrobenzyl) esters of L-amino acids by means of N-hydroxybenzotriazole and N,N'-dicyclohexylcarbodiimide. The compounds formed were deprotected by catalytic hydrogenolysis over Pd/C in aqueous acetic acid.

ВОЛКОВ Е. М., КОРОЛЕВА О. Н., ОРЕЦКАЯ Т. С., ШАБАРОВА З. А. — 1994 г.

Синтезированы два самокомплементарных декануклеотида общей структуры TAATGC*ATTA (С* - остаток 5-метилцитидина, содержащего присоединенную по экзоциклической аминогруппе с помощью спейсера карбоксильную или аминофункцию). Конденсацией расположенных в разных цепях комплементарных комплексов карбоксильной и аминогруппы под действием водорастворимого карбодиимида с выходом около 20% получена ковалентная связь между декануклеотидами. Реакцией с глутаровым альдегидом с выходом до 20% осуществлена поперечная сшивка двух цепей в дуплексе, образованном самокомплементарным декануклеотидом упомянутой выше структуры, несущим алифатическую аминогруппу. Структура полученных «димеров» и положение места сшивки доказаны секвенированием по методу Максама - Гилберта. Изучена поликонденсация под действием Т4-ДНК-лигазы модифицированных декануклеотидов, а также полученных продуктов сшивки. Показано, что фермент с неодинаковой эффективностью лигирует указанные соединения.

АРСЕНЬЕВ А.С., ИВАНОВ В.Т., КОЖИН А.Т., МАСЛЕННИКОВ И.В., ЧИКИН Л.Д. — 1993 г.

При помощи двумерной спектроскопии 1H-ЯМР исследована конформация синтетических фрагментов С (остатки 67—106), Ε (128—162) и G (190—233) бактериоопсина Halobacterium halobium, солюбилизированных в смеси хлороформ — метанол (1 : 1) с 0,1 Μ LiClO 4. Полное отнесение сигналов в спектрах ЯМР проведено с использованием спектров DQF-COSY, TOCSY и NOESY. В спектрах NOESY идентифицированы ядерные эффекты Оверхаузера между протонами. Определены амидные группы с замедленной скоростью обмена протонов на дейтерий растворителя. Анализ полученных данных показал, что пептиды имеют конформации правых α-спиралей на участках 77—101 (сегмент С ), 131 — 159 ( E ) и 198—227 ( С ).

БАКАСОВА З.Б., БЕЛОКОНЬ Ю.Н., ИКОННИКОВ Н.С., КОЧЕТКОВ К.А., ОРЛОВА С.А., ФИЛЕВА Н.В. — 1993 г.

Schiff bases of the type: PhCH-NCH(R)COOEt, where R=Me, n-Bu, Ph, β-indolyl, α-naphtyl, were used as new substrates for enzymatic hydrolysis. These compounds, derived from ethyl esters of some D, L -amino acids and benzaldehyde, after hydrolysis with α-chymotripsin in the aqueous-organic medium without any buffer components were shown to yield L -amino acids (Ala, Nva, (Ph)Gly, Trp and naphtylalanine) which precipitated from the solution. Their enantiomeric purities were in the range of 79—99%.

ВУЛЬФСОН А.Н., КЛЮШНИЧЕНКО В.Е. — 1993 г.

Рассмотрены закономерности эксклюзионно-сорбционных взаимодействий инсулинсодержащих белков с сорбентом в соответствии с химической и пространственной структурой, выполненные на колонке TSK G 3000 SW в нативных и денатурирующих условиях. Изучены механизмы частичной сорбции линейных проинсулипа и гибридного белка в неденатурирующих условиях и динамика образования SDS-белкового комплекса в денатурирующих условиях. Полученные результаты используются для ЭВЭЖХ-анализа основных и промежуточных продуктов практически на всех стадиях технологии получения генно-инженерного инсулина человека.

БЕЙЕР Е.М., БУНЕЕВА О.А., ВИДЕРШАЙН Г.Я., ВИНОГРАДОВА М.В., ЛЕВАШОВ А.В., ПШЕЖЕЦКИЙ А.В. — 1993 г.

Кинетические закономерности катализа лизосомными гликозидазами реакций гидролиза их синтетических субстратов исследованы в системах обращенных мицелл анионного ПАВ - аэрозоля ОТ - в октане. Установлено, что все исследованные ферменты (G М I-галактозидаза, гексозаминидазы А и Б, сиалидаза, фукозидаза, галактоцереброзидаза) проявляют в системе обращенных мицелл каталитическую активность, равную или большую их активности в водных буферных растворах. В то же время в обращенных мицеллах наблюдается эффективное ингибирование ферментов продуктами реакции - углеводами. Обнаружено, что зависимости удельной активности гликозидаз от степени гидратации мицелл представляют собой кривые с одним или несколькими максимумами, отражающими образование различных олигомерных форм ферментов. Установлено, что зависимость от степени гидратации эффективного значения К m катализируемых реакций, определенного в расчете на объем водной микрофазы системы, как правило, повторяет ход зависимости от того же параметра максимальной скорости реакции, что, по-видимому, объясняется соответствующим изменением локальных значений концентрации субстрата в области активного центра фермента. Исследовано влияние концентрации ПАВ на каталитическую активность фермента в системе обращенных мицелл. Установлено, что каталитическая активность гликозидаз, распределенных в цитозольной фракции при дифференциальном центрифугировании клеточного материала, не зависит от концентрации мицелл. Каталитическая активность мембранной гликозидазы - галактоцереброзидазы - существенно возрастает по мерс уменьшения концентрации мицелл в системе. В оптимальных условиях активность галактоцереброзидазы в обращенных мицеллах в 10 раз превышает уровень активности фермента в водных буферных растворах.

БОЧКАРЕВ А.В., ГУРСКАЯ Г.В., ЕФИМЦЕВА Е.В., МЕШКОВ С.В., МИХАЙЛОВ С.Н. — 1993 г.

Синтезированы новые аналоги нуклеозидов на основе цис- и транс -2-метил-4-гидроксиметил-1,3-диоксоланов. Алкилирование натриевой соли тимина 2-бромметил-4-бензоилоксиметил-1,3-диоксоланом, а затем хроматографическое разделение цис- и транс -изомеров на обращенной фазе и дальнейшее дебензоилирование приводили к искомым аналогам 2'',3''-дидезоксинуклеозидов. Фосфорилированием диоксолановых нуклеозидов β-цианэтилфосфатом в присутствии Ν,Ν''-дициклогексилкарбодиимида с последующим деблокированием получены монофосфаты, которые превращали в соответствующие трифосфаты. Структура синтезированных соединений подтверждена данными ЯМР-спектроскопии и рентгеноструктуриого анализа.

КАРУЗЕРС М.Х., ТАКТАКИШВАЛИ М.О. — 1993 г.

Осуществлен крупномасштабный синтез олиготимидиндитиоатов. Триэфирным методом синтеза в растворе получены димеры и тетрамеры (в миллимольных количествах) и октамер (0,1 ммоль). С помощью твердофазного синтеза на ПЭГ в качестве полимера-носителя и с использованием тиоамидитного подхода получены октануклеотиддитиоаты T 8(S 2) (0,02 ммоль) и C 7T(S 2) (0,12 ммоль). Для олигонуклеотиддитиоатов, синтезированных твердофазным методом, предложен новый способ очистки, включающий в себя отщепление защищенного олигонуклеотида от носителя, адсорбционную хроматографию на силикагеле, полное деблокирование и обращенно-фазовую хроматог-рафию низкого давления на силикагеле C 18.

АЛЕКСЕЕВ С.М., ЕВСТИГНЕЕВА Р.П., ЗАХАРОВА Е.И., ЧУДИНОВА В.В., ЧУПИН В.В. — 1993 г.

Методом 31Р-ЯМР-спектроскопии на моделях искусственных мембран, содержащих яичный фосфатидилхолин и лизофосфатидилхолин, исследовано взаимодействие α-токоферола с фосфолипидами, олеиновой, рицинолевой кислотами и гидропероксидом линолевой кислоты. Показано, что α-токоферол поддерживает бислойную организацию водных дисперсий лизофосфолипидов, а при включении в систему лецитин - вода способствует образованию гексагональной фазы. Свободные жирные кислоты проявляли синергизм α-токоферолу, причем в наибольшей степени эффект образования гексагональной фазы усиливали оксигенированные кислоты - рицинолевая и гидропероксид линолевой кислоты. На основании экспериментальных данных сделаны выводы о структурообразующем и модифицирующем действии α-токоферола. Обсуждена природа модулирующего эффекта α-токоферола на структуру мембраны и возможная роль образующейся под его действием гексагональной фазы в процессе перекисного окисления липидов.

ВЯЗОВКИНА Е.В., КОМАРОВА Н.И., ЛЕБЕДЕВ А.В. — 1993 г.

Синтезированы и разделены хроматографией все 16 пар диастереомеров дезоксидинуклеозидметилфосфонатов, энантиомерных по межнуклеозидному метилфосфонату. Установлено, что диастереомер, элюируемый первым при хроматографии на силикагеле, имеет большую подвижность и при хроматографии на обращенной фазе. Записаны УФ-спектры и спектры КД всех пар диастереомеров. Показано, что для элюируемого первым диастереомера по сравнению с менее подвижным вторым наблюдается более высокий уровень как гипохромного эффекта, так и эффекта Коттона в КД-спектре. Сделано предположение, что независимо от состава дезоксидинуклеозидметилфосфонатов все первые диастереомеры (так же как и все вторые) имеют одну и ту же абсолютную конфигурацию межнуклеотидного метилфосфонатного фрагмента.

ВЯЗОВКИНА Е.В., ЛЕБЕДЕВ А.В., ЭНГЕЛЬС И.В. — 1993 г.

Методом двумерной ЯМР-спектроскопии исследованы 16 пар индивидуальных диастереомеров дезоксидинуклеозидметилфосфонатов общей структуры [(MeO) 2Tr]Np-(CH 3)N'(Ac), где N и N' -защищенные по экзоциклическим аминогруппам гетероциклов остатки нуклеозидов. Проведено отнесение сигналов протонов гетероциклических оснований, дезоксирибозы, метилфосфонатного фрагмента, защитных групп. В спектрах ROESY обнаружены кросс-пики взаимодействия метилфосфо натного фрагмента с протонами дезоксирибозы и гетероциклических оснований. Найдены закономерности, связывающие интенсивности ряда характерных ROESY-сигналов с конфигурацией при асимметрическом атоме фосфора метилфосфонатной группы диастереомеров. Полученные результаты в совокупности с литературными данными позволили определить абсолютные конфигурации всех 32 диастереомеров.

НИКОЛАЕВ Б.П., ТОРОПОВ Д.К., ШЛЯКОВ А.М. — 1993 г.

В микроэмульсионных тройных композициях на основе тридекана, неионного детергента Твин 81 и контролируемого небольшого количества воды методом 31Р-ЯМР изучена кинетика утилизации глюкоза-6-фосфата (G6P), уровня неорганического фосфата P i и других метаболитов у Е. coli. Работа электрон-транспортной цепи мембран клеток оценивалась по скорости восстановления экзогенных нитроксильных радикалов. Обнаруженное торможение ферментативной активности белков гликолиза и ЭТИ клеточных структур вызывается понижением активности воды а w внешней микроэмульсионной среды без перехода липопротеинов клеточной стенки в мицеллярные формы. Регуляция ферментативных процессов осуществляется через лимитирование мицеллярной диффузии субстрата и уменьшение активности воды а w при интенсивном межмолекулярном обмене связанной воды микроэмульсионной фазы и белков клеточных структур.

ГОРОДЕЦКАЯ С.Б., ИГНАТОВ К.Б., КИСЕЛЕВ В.И., ЧИСТЯКОВА Л.Г., ШЕМЧУКОВА О.Б. — 1993 г.

Предложен новый подход к определению энтеротоксигенности Staphylococcus aureus, в основе которого лежит метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). С помощью данного метода проведен скрининг штаммов S. aureus на наличие гена энтеротоксина В. Фрагмент ДНК выбранного штамма (FRI 722H), содержащий ген энтеротоксина В, был получен методом ПЦР и клонирован в векторе pUC19. Было показано, что энтеротоксин В с лидерным пептидом в клетках Escherichia coli образует нерастворимые комплексы, а зрелый токсин находится в цитоплазматической фракции в растворимом состоянии. Суммарный выход рекомбинантного токсина в Е. coli

ЛОМОНОСОВА И.В., СЕМЕНОВ А.Н., ТИТОВ М.И. — 1993 г.

Показано, что комплексы меди(II) с азотсодержащими лигандами (пиридин, имидазол) эффективно имитируют каталитическую активность лакказы в реакции окислительного удаления фенил-гидразидной защитной группы. Процесс деблокирования протекает в мягких условиях, исключающих окисление лабильных аминокислот. Изучено влияние различных факторов на скорость реакции деблокирования и степень конверсии. Определены оптимальные условия, в которых процесс деблокирования протекает количественно.Copper(II) complexes with some nitrogen-containing ligands (pyridine, imidazole) perfectly simulate the catalytic activity of laccase in the reaction of oxidative removal of the phenylhydrazide protecting group. The deprotection occurs under mild conditions preventing oxidation of labile amino acids, The effect of certain factors on the rate and degree of deblocking were studied and optimal conditions providing quantitative yield of the deblocked products were found.

АРСЕНЬЕВ А.С., БАЛАШОВА Т.А., МАЛАХОВА Г.В., МИХАЛЕВА И.И., НОЛЬДЕ Д.Е., ОНОПРИЕНКО Л.В., ПАШКОВ В.С., САМОХВАЛОВА Л.В. — 1993 г.

Проанализированы спектры 1H-ЯМР синтетического фрагмента Ac-Leu 66-Glu-Glu-Val-Leu-Asn-Leu 72-OCH 3 интерлейкина-2 человека в отсутствие и в присутствии моноклонального антитела. Согласно полученным данным, в водном растворе пептид имеет развернутую неупорядоченную конформацию. Расчеты, основанные на результатах измерения величин кросс-пиков ЯЭО в спектрах NOESY смеси пептид — антитело, позволили определить пространственное строение связанного с антителом пептида (близко к α R-спирали), а также выявить наличие гидрофобного и гидрофильного кластеров на противоположных сторонах поверхности связанного с антителом пептида. Гидрофобный кластер контактирует с поверхностью антитела, а гидрофильный экспонирован в растворитель. В присутствии антитела происходит гидролиз С-концевой метоксильной группы пептида, что, несколько понижая аффинность пептида к антителу, не влияет на конформацию пептида и комплексе с антителом.1H-

БЕРЛИН Ю.А., КОРШУН В.А., НОЖЕВНИКОВА Е.В. — 1993 г.

A novel phosphitylating reagent, O''-(4,4''-dimethoxytrityl)-O 5-(N,N-diisopropylamino-2-cyanoethoxyphosphinyl)-3-(N-biotinyl-6-aminocaproyl)-3-aza-1,5-pentanediol (VII), has been synthesized. The reagent can be used in the standard DNA synthesis to prepare oligonucleotides terminally labelled with biotin residue (s).