научный журнал по химии Биоорганическая химия ISSN: 0132-3423

АМИРХАНОВ Н. В., ЗАРЫТОВА В. Ф. — 1995 г.

С использованием окислительно-восстановительной пары трифенилфосфин-дипиридилдисульфид осуществлена селективная активация концевых фосфатов олигонуклеотидных аналогов, содержащих межнуклеотидные фосфотиоатные группы (ps), что легло в основу нового способа синтеза различных производных фосфотиоатных аналогов олигонуклеотидов. Предложенным способом получены цвиттер-ионные 3'-фосфамидные производные ди- и тринуклеотидфосфотиоатов TpsTp и TpsTpsTp, содержащие остаток 4-диметиламинопиридина или N-метилимидазола. Полученные цвиттер-ионные производные реагируют с аминами с образованием в течение 5-10 мин соответствующих 3'-фосфамидов практически количественно и без повреждения межнуклеотидных фосфотиоатных групп. Предложенным способом получены также алкилирующие производные фосфотиоатов TpsTp(N(CH3)CH2RCl) и TpsTpsTp(N(CH3)CH2RCl) (RCl = -C6H4N(CH3)CH2CH2C1). Показано, что в ходе синтеза в DMF межнуклеотидные фосфотиоатные остатки исследуемых ФТАО устойчивы. Активность алкилирующих

БОЧКАРЕВ А. В., ГУРСКАЯ Г. В., ЖДАНОВ А. С., ЗАВГОРОДНИЙ С. Г. — 1995 г.

Установлена молекулярная и кристаллическая структура аналогов дезоксирибонуклеозидов: 3'-О-метилтиометилтимидина моногидрата dT(CH2SMe) · Н2O и 3'-О-метилсульфинилметилтимидина dT(CH2SOMe). Пространственная группа кристаллов dT(CH2SMe) · Н2O ~ Р21, параметры элементарной ячейки: а = 10.417(1), b = 4.912(2), с = 15.969(2) Å, β = 107.23(1)°, V = 780.5 Å3, Ζ = 2, R = 3.8%. Кристаллы соединения dT(CH2SOMe) имеют пространственную группу P2l2121, параметры элементарной ячейки: а = 8.858(2), b = 9.303(1), с = 17.698(2) Å, V = 1458.3 Å3, Ζ = 4, R = 2.8%. Молекулы dT(CH2SMe) и dT(CH2SOMe) характеризуются анти-конформацией относительно гликозидной связи (углы χ (O4'-C1'-N1-C2) равны -116.2° и -148.8°), гош+-конформация относительно экзоциклической связи С4'-С5' (углы φCO (С3'-С4'-С5'-O5') равны 52.1° и 41.4°). Конформация фуранозного цикла в молекуле dT(CH2SMe) описывается как С2'-эндо-C3'-экзо (Р = 167.8°, ψm = 34.8°), а в молекуле dT(CH2SOMe) - С2'-эндо-C1'-экзо (Р = 148.4°, ψm = 35.4°). Проведено сравнение изученных структур с 3'-азидо-3'-дезокситимидином (ΑΖΤ) и тимидином.The molecular and crystalline structures of deoxiribonucleoside analogs: 3'-O-methylthiomethylthymidine monohydrate dT(CH2SMe) · H2O and 3'-O-methylsulphinyimethylthymidine dT(CH2SOMe) were determined. The space group of dT(CH2SMe) · H2O crystals is P21 the parameters of the elementary cell are a = 10.417(1), b = 4.912(2), с = 15.969(2) Å, β = 107.23(1)°, V = 780.5 Å3, Ζ = 2, R = 3.8%. The crystals of dT(CH2SOMe) have a space group P2l212l, the elementary cell parameters are a = 8.858(2), b = 9.303(1), с = 17.698(2) Å, V = 1458.3 Å3, Z = 4, R = 2.8%. The dT(CH2SMe) and dT(CH2SOMe) molecules are characterized by an anti-conformation relative to the glycoside bond (angles χ (O4'-C1'-N1-C2) are equal to -116.2° and -148.8°), a gauche+-confoimation relative to the exocyclic bond C4'-C5' (angles φCO (C3'-C4'-C5'-O5') are equal to 52.1° and 41.1°). The conformation of the furanose cycle in the dT(CH2SMe) molecule is described by C2'-endo-С3'-ехо (P = 167.8°, ψm = 34.8°) and in the dT(CH2SOMe) molecule by C2'-endo-C1'-exo (P = 148.4°, ψm = 35.4°). The structures studied were compared with 3'-azido-3'-deoxythymidine (AZT) and thymidine.

ЗОТОВА Е. Г., МЫСЯКИН Е. Б., РУБЦОВ К. С., СЕРЕБРЕННИКОВА Г. А., ТОКСАМБАЕВА С. Ж. — 1995 г.

В обзоре представлены данные о структуре С-реактивного белка (CRP), его свойствах и биосинтезе. Значительное внимание уделено специфическому связыванию этого белка с так называемыми Са 2+-зависимыми и Са 2+-независимыми лигандами: фосфохолинсодержащими соединениями, липопротеинами, хроматином, галактанами, поликатионами и др. Приводятся сведения о взаимодейст-вии CRP с ионами Са 2+. Подробно рассмотрены существующие способы его выделения и очистки. Широко освещен метод аффинной хроматографии как наиболее перспективный для получения высокоочищенного

ПЕРТЕЛЬ С. С., ЧИРВА В. Я. — 1995 г.

Описан синтез нового липофильного аналога N-ацетилглюкозаминилмурамоилдипептида (ГМДП) - N-ацетилглюкозаминил-(β1→4)-N-пальмитоилмурамоил-L-аланил-D-изоглутамина. Исходя из метилового эфира полного Ο,Ν-ацетата глюкозаминил-(β1→4)-мурамовой кислоты, через стадии 1-дезацетилирования, получения гликозилгалогенида, образования соответствующего оксазолина, его кислотного гидролиза и ацилирования незамещенной аминогруппы мурамовой кислоты пальмитоилхлоридом получали полный О-ацетат метилового эфира N-пальмитоил-N'-ацетилдисахарида. После деблокирования карбоксильной группы мурамовой кислоты дисахаридное производное конденсировали с дипептидом и удаляли оставшиеся защитные группы.

ДАНИЛОВ Л. Л., МАЛЬЦЕВ С. Д., УТКИНА Н. С., ШИБАЕВ В. Н. — 1995 г.

Показана применимость гликозил-Н-фосфонатного подхода к синтезу α-дигидрополипренилгликозилфосфатов. Для получения исходных 2,3,4,б-тетра-O-ацетил-β-D-глюкопиранозил- и -галактопиранозил-Н-фосфонатов разработан метод, основанный на взаимодействии 1,2-ортоэфиров соответствующих Сахаров с Н3РO3. Взаимодействие гликозил-Н-фосфонатов с цитронеллолом или долихолом с последующим окислением и снятием защитных групп гладко приводит к цитронеллил- и долихилгликозилфосфатам - производным β-D-глюкозы и β-D-галактозы.

СОЛОВЬЕВА Т. Ф., ФЕДОРЕЕВА Л. И. — 1995 г.

Исследовано взаимодействие белка порина из наружной мембраны Yersinia pseudotuberculosis с липидом А, R-ЛПС и S-ЛПС из того же микроорганизма с использованием методов КД-спектроскопии, собственной белковой флуоресценции, дифференциальной сканирующей микрокалориметрии и ультрацентрифугирования в градиенте плотности хлористого цезия. Установлено, что связывание белка с лигандами протекает специфично и сопровождается изменениями в конформации порина. Характер взаимодействия порина с лигандом изменяется по мере усложнения молекулы последнего: липид А → R-ЛПС → S-ЛПС. Для липида А на белке имеются два независимых центра связывания с Kac 6.1 x 104 Μ-l. R- и S-ЛПС взаимодействуют с порином соответственно с отрицательной и положительной кооперативностью. Возможные механизмы кооперативности обсуждаются.

ГРОЗА Н. В., ИВАНОВ И. В., МНАСИНА Е. Е., МЯГКОВА Г. И. — 1995 г.

Синтезированы (5Z,8Z,11Z,14Z)-эйкозатетраеновая (арахидоновая) кислота и ее предшественник-5,8,11,14-эйкозатетраиновая кислота на основе полиацетиленовой стратегии с применением реакции кросс-сочетания терминальных ацетиленовых и пропаргильных синтонов в условиях образования in situ высокореакционноспособных металлоорганических комплексов и пропаргильных иодидов.(5Z,8Z,11Z,14Z)-Eicosatetraenoic (arachidonic) acid and its precursor, 5,8,11,14-eicosatetraynoic acid, were synthesized by the polyacetylene approach using the cross coupling of propargyl iodides and highly reactive organometallic complexes of terminal acetylenic synthons formed in situ.

ЕФИМОВ В. А., СМИРНОВ Ю. В., ФРАДКОВ А. Ф., ЧАХМАХЧЕВА О. Г. — 1995 г.

ДЕМЕНТЬЕВА Е. В., СЕМИЛЕТОВ Ю. А., ФАВОРОВ М. О., ШИБНЕВ В. А., ЯШИНА Т. Л. — 1995 г.

The hepatitis Ε virus (HEV) is an infection agent (detected recently) responsible for an enterically transmitted non-A, non-B hepatitis [1,2]. Hepatitis Ε is a big problem in many developing countries, including the Central Asian areas of the former Soviet Union [2]. By cloning followed by sequence analysis of the HEV genome, three open reading frames (ORF) have been identified, among them ORF3 encoding a protein containing 123 amino acid residues, the function of this protein being unknown. Recently [3], one of the immunodominant regions of ORF3 protein was revealed between the 91st and 123rd amino acid residue. The purpose of the present study was a more precise localization of epitopes in the C-terminal portion of HEV ORF3 protein by using synthetic peptides.

ИВАНОВА Т. П., МЕЛЬНИК С. Я., ХОРОШЕВА Е. В., ЭКТОВА Л. В., ЯВОРСКАЯ Н. П., ЯРЦЕВА И. В. — 1995 г.

Синтезированы О-хинальдиноильные производные тимидина, 2'-дезоксиуридина и 5-триметилсилил-2'-дезоксиуридина. В результате взаимодействия 5'-амино-5'-дезокситимидина с пентафторфениловым эфиром хинальдиновой кислоты или с 4-(хинолин-2-карбониламино)масляной кислотой получены 5'-дезокси-5'-(хинолин-2-карбониламино)- и 5'-дезокси-5'-[(хинолин-2-карбониламино)бутироиламино]тимидин. Антипролиферативные свойства в отношении клеток CaOv in vitro найдены у большинства синтезированных производных нуклеозидов с хинальдиновой кислотой (СЕ 50 ~ 10 -5 Μ). 3'-О-Хинальдиноилтимидин обладает противоопухолевой активностью in vivo. С использованием метода флуоресцентных зондов изучено взаимодействие 3'- и 5'-О-хинальдиноил-, а также 3',5'-ди-О-хинальдиноилтимидина с ДНК.O-

МАЛАХОВ Д. В., СЕМИЗАРОВ Д. Г., ЯСЬКО М. В. — 1995 г.

Осуществлен синтез 9-[2-(фосфонометилкарбониламино)этил]аденина, его изомера - 9-[(2-фосфоноэтил)аминокарбонилметил]аденина и 9-[2-[(2-фосфоноэтил)карбониламино]этил]аденина и их дифосфатов. Показано, что все три дифосфата включаются в 3'-конец цепи ДНК при катализе синтеза обратной транскриптазой вируса миелобластоза птиц, но не являются субстратами ДНК полимераз α из плаценты человека и β из тимуса теленка, а также концевой дезоксинуклеотидилтрансферазы из тимуса теленка.9-[2-(

ЕРЕМИН А. Н., МЕТЕЛИЦА Д. И. — 1995 г.

С целью оптимизации получения конъюгатов супероксиддисмутазы и катал азы с декстранами, активированными методом периодатного окисления, изучено влияние на каталитическую активность конъюгированных ферментов начальных соотношений [NaIO 4]/декстран], [фермент]/[альдегид-декстран] и [супероксиддисмутаза]/[каталаза], а также рН и молярности буферных сред, в которых проводится конъюгирование. Показано влияние последовательности связывания ферментов с альдегиддекстранами в биферментных конъюгатах на каталитическую активность каждого из них. Констатировано снижение операционной устойчивости каталазы при ее конъюгировании с альдегиддекстранами совместно с супероксиддисмутазой. Обсуждена проблема взаимного влияния на операционную устойчивость каждого из ферментов в составе биферментных конъюгатов при их использовании в циклических биокаталитических процессах.

АХРЕМ А. А., ДОЛГОПАЛЕЦ В. И., КИСЕЛЬ М. А., МЕЗЕН Н. И., ТИМОЩУК В. А., ФЕДУЛОВ А. С., ШАДЫРО О. И. — 1995 г.

С использованием 3,5-ди-трет-бутил-о-хинона в качестве исходного соединения синтезированы амфифильные мембраноадресованные антиоксиданты - 3,5-ди-трет-бутил-2-гидроксифенилфосфат, (3,5-ди-трет-бутил-2-гидроксифенил)гексадецилфосфат и (3,5-ди-трет-бутил-2-гидроксифенил)холестерилфосфат, различающиеся гидрофобно-гидрофильным балансом. 3,5-Ди-трет-бутил-2-гидроксифенилфосфат и (3,5-ди-трет-бутил-2-гидроксифенил)гексадецилфосфат уже в концентрации 10-8 Μ подавляют образование малонового альдегида при перекисном окислении лигандов гомогената мозга крыс, инициированном системой Fе2+-аскорбат. При концентрациях антиоксидантов в гомогенате мозга 10-4 Μ и выше образование малонового альдегида замедляется более эффективно, чем при аналогичных концентрациях токоферола.

ИВАНОВСКАЯ М. Г., НАРЫШКИН Н. А., ШАБАРОВА З. А. — 1995 г.

Изучена модификация карбоксильной группы, введенной в структуру синтетического дезоксирибоолигонуклеотида, под действием водорастворимого 1-этил-3-(3'-диметиламинопропил)карбодиимнда (EDC). Обнаружено, что при обработке карбоксилсодержащего олигонуклеотида EDC в воде и водных буферных растворах происходит быстрое образование соответствующего уреидного производного с выходом 80-90%. Показано, что это производное относительно устойчиво в водном растворе и легко может быть выделено методом электрофореза в полиакриламидном геле. Изучена гидролитическая устойчивость этого соединения в широком интервале значений рН. Показано, что нового типа уреидные производные устойчивы при нейтральных и слабокислых значениях рН. При слабощелочных значениях рН они способны ацилировать аминосодержащие соединения с высокой эффективностью (50-90%). Предложенный тип реагентов может быть использован для аффинной модификации ферментов и других белков и для получения конъюгатов олигонуклеотидов с другими классами соединений.

АФСАР С., ДИКСОН Г. Б. Ф., КАРПЕЙСКИЙ М. Я., ПАДЮКОВА Н. Ш. — 1995 г.

Синтезированы фосфонатные аналоги глюкоза-6-фосфата и галактоза-6-фосфата: 6-дезокси-6-фосфоно-α,β-D-глюкопираноза и 6-дезокси-6-фосфоно-α,β-D-галактопираноза. Показано, что полученные фосфонаты являются слабыми ингибиторами 1L-мио-инозит-1-фосфатазы.Phosphonate analogs of glucose-6-phosphate and galactose-6-phosphate, namely, 6-deoxy-6-phosphono-α,β-D-glucopyranose and 6-deoxy-6-phosphono-α,β-D-galactopyranose, were synthesized. They were shown to be weak inhibitors of 1L-myo-inositol-1-phosphatase.

ЕФРЕМОВА А. А., КАПЛУН А. П., ЛУРЬЕ Е. Ю., МОСИНА Е. М., ШВЕЦ В. И. — 1995 г.

Получен ряд оснований Шиффа α- и ω-аминокислот с салициловым альдегидом. Исследованы физико-химические свойства полученных соединений, в том числе и флуоресцентные, определены их константы гидролиза при рН 6.0,7.0, 8.0.A series of the Schiff bases of α- and ω-amino acids with salicylaldehyde was synthesized. The physicochemical properties of the substances obtained, including the fluorescent characteristics, were examined, and the hydrolysis constants at pH 6.0, 7.0, and 8.0 were determined.

ГРИБКОВА С. Е., ЕВСТИГНЕЕВА Р. П., КОРВАТОВСКИЙ Б. Н., ЛУЗГИНА В. Н., ПАЩЕНКО В. З., ТУСОВ В. Б. — 1995 г.

Осуществлен синтез порфиринов, ковалентно связанных с аминокислотами Туr и Тrр. Показано образование состояний с разделенными зарядами в диадах типа аминокислота-порфирин при импульсном возбуждении в полосу поглощения порфирина. Методом кинетической флуоресцентной спектроскопии высокого временного разрешения определены константы скоростей и квантовые выходы образования состояний с разделенными зарядами и времена (константы скоростей) рекомбинации зарядов.Synthesis of porphyrins covalently linked with amino acids such as Tyr and Trp have been carried out. Formation of the charge separated states in the amino acid dyads by impulse ecitation of porphyrin is shown. The rate constants and quantum yields of the charge separated states formation and charge recombination to the ground state by the time-resolved fluorescence spectroscopy were determined.

ЛЕВИНСОН Е. Г., МИРОНОВ А. Ф. — 1995 г.

Осуществлен синтез порфирин-хлориновых димеров с простой эфирной связью, обладающих интенсивной полосой поглощения в области 670 - 700 нм. В качестве гидрофобного компонента димеры содержат октаэтилпорфирин, а в качестве гидрофильного - производное хлорофилла - пурпурин 18. Раскрытие ангидридного цикла в последнем приводит к хлорину р6 и его триметиловому эфиру. Щелочным гидролизом димеров получены производные с различной степенью амфифильности для изучения закономерностей проникновения и накопления фотосенсибилизаторов в злокачественных тканях.

АНЦЫПОВИЧ С. И., БЛЮМЕНФЕЛЬД М., ВОЛКОВ Е. М., ОРЕЦКАЯ Т. С., РОМАНОВА Е. А., ТАШЛИЦКИЙ В.Н., ШАБАРОВА З. А. — 1995 г.

Разработан способ синтеза ДНК-дуплекса с ковалентно связанными цепями, изучены его термическая и гидролитическая устойчивость. Связь образована между алифатической аминогруппой, расположенной в одном из тяжей, и карбоксильной группой - в другом, с использованием водорастворимого карбодиимида в качестве конденсирующего агента. Описан синтез серии модифицированных олигонуклеотидов длиной от 5 до 26 нуклеотидных звеньев, несущих первичную амино- или карбоксильную группу, исследованы их свойства.A method for the synthesis of DNA duplex with covalently linked strands was elaborated, and the thermal and hydrolytic stability of the duplex was studied. The strands were connected via an amide bond between carboxyl and aliphatic amino groups in the presence of water-soluble carbodiimide. For this purpose, a series of modified 5- to 26-meric oligonucleotides with primary amino or carboxyl group were prepared, and their properties were investigated.

ГАРАЕВА Л. Д., ГОРЮНОВА О. В., МАШАЛОВА Н. А., МЕЛЬНИК С. Я., ЯРЦЕВА И. В. — 1995 г.

При взаимодействии 3'-О-гидроксисукциниладенозина с 1-аминоадамантаном в присутствии 2-этокси-1-этоксикарбонил-1,2-дигидрохинолина синтезирован 3'-О-(1-адамантиламино)сукциниладенозин. Из 2',5'-ди-О-ацетил-3'-О-гидроксисукциниладенозина и 5-метокситриптамина методом активированных эфиров получен 2',5'-ди-О-ацетил-3'-О-[(5-метоксииндол-3-ил)этиламино]сукциниладенозин. Реакция 2',3'-О-изопропилиденаденозина с 3-[(5-метоксииндол-3-ил)этиламидо]пропионовой кислотой в присутствии дициклогексилкарбодиимида и 4-диметиламинопиридина привела к 2',3'-О-изопропилиден-5'-О-[(5-метоксииндол-3-ил)этиламино]сукциниладенозину. Идентичное соединение синтезировано в результате взаимодействия 2',3'-О-изопропилиден-5'-О-гидроксисукциниладенозина с 5-метокситриптамином методом активированных эфиров. Из 5'-амино-5'-дезокси-2',3'-О-изопропилиденаденозина и N-оксисукцинимидных эфиров никотиновой, хинальдиновой или индол-3-илпропионовой кислот получены 5'-дезокси-5'-(пиридин-3-карбонил)-, 5'-дезокси-5'-(хинолин-2-карбонил)- и 5'-дезокси-5'-(индол-3-илпропионил)аминоаденозин соответственно. Синтезированные соединения не оказывают влияния на включение тимидина в ДНК клеток